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六西格玛作为一个有着相对固定模式的改善工具，它是强调通过寻找一些难点，按照既定的步骤进行改善,相对而言，它缺乏对经营活动的恼改善效果的重要指标。这使得六西格玛在实施过程中出现一味地追求财务效益和忽略了对流程和价值链本身的改善。虽然它将统计知识作为一个封闭的黑匣子来处理，但由于本身的核心也是统计知识，所以它很难运用到操作员工的层次。
精益思想和六西格玛就如同一个工具箱中的扳手和钳子，同时拥有才能发挥最大效益。GE以及一些成功企业的经验说明，六西格玛与精益生产方法是相互促进的，相互补充的。两种思想之间没有任何矛盾或冲突。