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深圳对回复企业本色的蛇口仍是爱护有加，深圳市领导曾动情地说道：“深圳将一如既往地支持、帮助招商局集团拓展各项业务，希望招商局把根扎在深圳，在这块充满希望和生机活力的热土上再创新的辉煌。”
2001年，招商局在成功抵御了亚洲金融风暴的冲击后，开始进入调整，在资产、组织结构、人力资源等方面进行了一系列的整合。蛇口工业区则成为此次产业整合的一个不可或缺的大平台，招商局将在深圳发展起来的港口、金融、地产业务作为其核心产业，与之相关业务单位总部均设在深圳，其各自在深圳相关业务中占有重要地位，同时还以深圳为桥头堡，向内地及东南亚扩张。
从创建蛇口工业区伊始，招商局就对港口表现出高度兴趣，在深圳先后兴建了蛇口港、蛇口集装箱码头、赤湾港。在新的发展战略中，交通运输及相关基础设施建设、经营与服务成为招商局三大核心主业之一，对港口资产的整合成为当然之义。在此思路下，招商局的港口资源全部打包到招商局国际这家下属公司，招商国际随即通过资本力量，对“山头林立”的深圳西部港区进行整合，收购了妈湾港，使得整个西部港区能够协同作战，尽量避免恶性竞争。自2005年起，西部港区集装箱吞吐量一直雄居深圳港一半以上份额，散杂货吞吐量则多年来占深圳港90%以上。
以深圳西部港区为发展母港，招商局的港口业务开始遍及全国。据介绍，招商局国际公司已全面布局国内外集装箱枢纽城市，现已在上海、青岛、漳州、宁波、天津、湛江、香港和越南经营或投资港口，成为中国最大、全球位列三甲的公共码头运营商。由于出色的业绩表现，招商局国际在资本市场备受关注，在2004年成为香港33只恒生指数成份股。
招商局的金融业是以在蛇口工业区培育出来的招商银行、招商证券、平安保险等企业为代表。总部设在深圳的招商银行是招商局金融业的旗舰，招商局一直是其单一最大股东。现在，招商银行已成为中国第六大商业银行，在内地30多个大中城市和香港、纽约设有分行。招商证券在内地和香港拥有71个营业部，成为全国十大券商之一。招商局还是平安保险的创办者，起初为单一股东，随着平安保险的快速发展和多次增资扩股，招商局失去了对其控制地位，出于企业管控战略考虑，招商局在2003年初全部售出平安保险股权。
招商局的房地产业是从蛇口工业区起步，随着蛇口的不断壮大和中国房地产市场的发展而迅速成长。2000年，招商局将原总部设在香港的招商局地产集团并入招商地产进行资产和业务重组，进一步整合招商局的房地产经营资源，使其步入向全国市场发展的快车道。现在，招商地产先后在长三角、珠三角、环渤海、西南等地区开发地产项目，跻身中国房地产上市公司十强。
从2004年开始，招商局迈开“五年再造一个招商局”的雄壮步伐，由此进入快速发展期，旗下的三大核心产业快速扩张。至2006年底，招商局集团营业额、总资产、净资产、经常性利润、净利润等主要指标均比2003年翻了一番，提前两年实现了再造一个招商局的目标。