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必须改变现行的业务运行方式，才能走出设计院组织模式的困境。集中计划管理的业务运行方式是当前许多设计院普遍采用的业务管理方式——很多设计院虽然引入了项目管理，但由于完善程度不够及组织环境的支撑性不强，导致业务管理方式的实际转变不大，最多不过是“以项目为对象”的集中计划管理而已。该管理模式主要是通过常规组织体系的行政指挥系统实现的，而、旦通过常规组织体系的行政指挥系统完成业务，则整个业务运行的实现过程必然需要行政权力作为保障，而一旦如此，则必然导致设计院在组织模式上出现困境：采用综合模式时，各个二级综合分院要想做到指挥有效，必然要求将其所需要的生产资源(专业设计生产人员)纳入其行政指挥系统内，即将生产资源分散配置到各个二级综合分院，于是专业生产规模经济必然被破坏;若采用专业模式，生产管理就必然只能由院集中进行，而不可能进行管理分权化，于是业务管理能力必然下降。
项目管理的业务运行方式不需要大量借助常规组织的行政指挥系统，而是在项目管理制度制约下，通过项目部和内部各业务单位之间的商务关系完成项目生产工作。这样，就自然避免了“集中计划管理模式”下设计院组织模式的设计困境。 在项目管理基础上，即使采用专业模式，也仍然能通过管理的专业化和分权化实现综合模式管理能力高的优点。上海复斯管理咨询公司在为机械部二院、铁道部第三勘察设计院等的管理咨询中，通过引入和完善项目管理，并在此基础上进行相应的组织设计，很好的破解了设计院组织设计的困境，既保证了设计资源按专业配置的专业模式的优点，又实现了对综合模式优势内容的兼容性设计。
三、建立专业矩阵制结构和超矩阵制组织结构
项目管理的良好运行离不开所在的组织环境——组织结构、收入分配和业绩考评体系等，为此，设计院需要对整体的组织结构和相关制度进行变革。
根据上海复斯管理咨询公司的研究，业务类型单一的小型设计院和业务类型多元的大型设计院，在组织结构的设计上有不同的取向;对于业务类型单一的小型设计院，应建立专业矩阵制结构，即在专业模式基础上建立专业项目管理部门，完善业务管理部门不够专业化的现行矩阵制结构。这种模式的组织结构是由专业所(室或处)加院专业项目管理部门组成。在对院业务管理部门进行整合和专业化设置时，应根据项目管理的成熟程度和院业 务量的大小，掌握专业化的精度，合理设置项目经营部门、项目管理部门和各类项目控制部门等。
对于业务类型多元的大型设计院，如铁道部的四个大型设计院，人数都在三干人以上，业务类型涉及传统的铁路设计和新发展起来的城市轨道交通设计和公路设计等。这样的设计院适合构造“超矩阵制”组织结构。超矩阵组织结构是上海复斯管理咨询公司为大型设计院管理咨询过程中创新出来的，整体构架由“专业所(处)+业务管理单元+院职能管理部门”组成。业务管理单元可以继续称分院，但其资源构成和功能不同于原综合性分院。首先，它的资源构成中不包括设计资源，所有的设计资源都集中配置专业所(处)中，所配置的全部是项目管理资源;其次，它的功能不包括设计生产功能，而仅是生产管理功能和部门经营管理功能。不同类型的业务，由不同的业务管理单元指派项目经理和设计经理，并通过特定的资源提出和确认程序，由院级管理部门负责落实完成项目部的组建;组建后的项目部(组)，在相应的业务管理单元的控制和协调下完成全部生产任务;项目部 (组)和业务管理单元协调失灵时，由院级管理部门负责协调，并依据最后的责任认定裁决对相关部门的制度处罚。
无论是建立专业矩阵制结构，还是构造超矩阵组织结构;都需要同时在预算管理体系、业务管理制度、项目的收入分配制度和业绩考评制度等方面上作出配套性的变革，以实现组织管理模式的整体变革，否则，结构本身不过徒有形式而已。
需要强调的是，项目管理是专业矩阵制结构和超矩阵制结构建立的基础，因此，在根本上需要设计院加强对项目管理的理解，完善项目管理体系的建设，并在此基础上，根据项目大小、难易等特点，灵活选择不同的项目部(组)组织形式，运用不同的项目业务程序体系、项目专业职能管理与控制体系，和项目业绩管理体系，以实现与项目特点的最佳匹配。