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二、有关部门机构整合归类的思路
其一，按机构设置与效能发挥的层级要求进行整合规范。
当今，市场经济发达国家政府机构设置的大部门特征日益凸显，比如加拿大的部级机构多则设19个，英国、法国和韩国也只有18个，澳大利亚16个，美国、西班牙和新加坡均设15个，德国14个，而日本仅设12个，其平均部级机构数为16个，与我国政府部级机构的半数相差无几。这些大部门(giant department)组织规模大且职能范围广。可以下辖20多个执行机构和几十个咨询委员会，管理范围几乎延展到所有相关或相近行业。如法国的经济、财政和工业部，不仅负责经济政策、财政政策和工业政策，而且负责宏观经济管理、税收管理、财政预算和决算、转移支付、国际贸易、第一产业、第二产业和第三产业的政策和协调，下辖机构包括海关、税收、统计、贸易、公平交易监督等，仅巴黎本部的工作人员就接近1万人，其大一统的政府部门特征可见一斑。
按照市场经济运行对政府机构设置的一般要求，结合我国政府部门机构设置的具体情况，中国大部门机构设置的数量规模应控制在15—20个之间;部门的纵向直属幅度设计应以内设三个大的层级较为适宜，即：决策机构领导层——执行机构管理层——办事机构操作层;部门的横向宽幅设计则以采用并联加网络链接式为宜;如海关、税收、统计、贸易、市场监管等部内机构，可以采用层级相同的并联方式排列，并以其中的办事协调等机构为节点，以工作性质特征及相互间的关联度为依据，建立彼此的联络、沟通、互补、协同方式与渠道，用纵短横宽的扁平式组织结构，以迅捷通达的网络链接方式，体现大部门体制的机构设置精、组织规模大、职能范围广、统筹能力强的基本特征。
目前中国正在进行五级财政向三级财政转变的探索，如果将中央到地方的行政层次减少两个，整合规范为三大层级，则将有利于在纵向上大幅度提高中央财政的垂直管理控制能力，在横向上拓展其沟通协调的空间，健全部门间的协调配合机制。如政府财税体制调整、财政风险防范、税收机制完善、转移支付力度掌控、通货膨胀压力化解等调控之举，可望在其新体制的构建中得到强化与规范。
其二，按行业属性与部门特征的类同程度进行整合规范。
行业属性与部门特征的类同程度高，即为行业性质与其部门特征的相同、相似、相近程度高，其职能转变的跨度和难度相对较小，而其整合成功的概率却相对较大，职能有机统一的体制、机制易于形成，转变后的整体效能也相对容易提高。为此，应对类同程度高，存在机构重叠、职责交叉、政出多门以及权限冲突、行政审批和公务环节繁杂的部门机构，按相应规程重点加以整合规范。
1.同一重要职能由多个政府部门交叉重合行使，相互之间协调困难的部门。如社会保障事务分别属于劳动与社会保障部、民政部、卫生部分管，因此产生了诸多难以协调的问题。2005年发生在吉林省的化工装置爆炸并引发松花江水污染事件未能及时得到有效控制，集中反映了水利、环保等多个相关部门间缺乏协调联动性的缺陷。
2.机构数量递增，致使权责脱节、效能递减的政府部门机构。如国务院议事协调机构和临时机构已反复增加至29个，部门与部门之间职责权限划分不尽合理，造成事权与责任脱节，协调性事务人为增多。
3.职能与管理错位，“政企、政资、政事、政中”四个分开不彻底的部门。如交通运输事务分别属于交通部、铁道部、民航总局以及石油天然气公司管理，运能的规划、建设与协调是政府的职责，而交通运输的工程建设和运输运营则是企业的任务。因为设立了多个政府部门，而真正应当由政府承担的规划协调责任却没有相应的部门承担，这些政府部门代替运输企业为大量的工程建设和运营业务疲于奔命，这个领域仍有政企不分的计划经济体制烙印。