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3. 信息系统工程监理的责任和权力非常明确，比如监理具有停工权、工程款支付控制权等，这些都是咨询公司所不具备的。与此同时，监理也要承担相应的责任，而咨询公司一般不承担任何责任。
4. 咨询公司比较注重用户信息化建设的长远目标，而不必关注国家的法律法规。但监理公司则一定要严格依据国家的有关法规、政策和行业标准办事。
5. 监理工程承包合同签约双方(甲、乙方)之外的独立的第三方，代表公正性，不偏不倚地依法行使职权，对合同双方负责，承担相应的职业道德责任和法律责任。而咨询公司只代表甲方一方的利益，无须承担工程项目成功
与否的责任。
6. 对于信息系统工程监理公司和信息技术咨询公司来讲，其运行机制建立在不同的法规体系之上，监理对政策法规的依赖性更强，更加照章办事。二者对用户的价值体现在不同的层面上，咨询更侧重于规划，监理更全面，是规划+控制。
监理与代建制的关系
代建制是一种由项目投资人选择社会化、专业化的项目管理公司，负责项目的投资管理和建设，项目建成后交付使用单位的项目建设管理制度。代建单位在项目建设期间行使投资主体职责，政府部门对代建制建设项目审批程序不变。在项目代建制制度框架下，代建人的代建活动是建设方(业主)工程项目管理服务的一种，即工程咨询服务，而不是工程总承包服务。但是代建制并不等同于某种项目管理方式，更不是项目总承包模式。
项目代建制模式的特点是将工程项目由建设单位委托专门机构管理，不仅负责组织设计、施工、材料设备的选型，还直接承担工程全过程的管理和监督职能，由过去工程自管型的小生产管理方式向项目管理专业化转变，项目的工程技术及管理手段也趋于现代化。代建代管是保证工程质量、加快建设周期、提高投资效益的有力措施。
对政府投资项目实行代建制是国际上通行的做法，美国等发达国家已经采用了上百年时间。我国从1999年开始，在上海试点市政项目的代建制。2004年7月 26日国务院发布了《关于投资体制改革的决定》，要求各地政府尽快在政府投资项目中推行代建制。目前代建制在政府的强力推动下，正在我国各地全面推开。据专家估计，全国大约每年有6000亿元人民币的政府投资工程进入代建制运行。政府投资项目代建制是在公有产权下解决政府投资项目建设管理中的“投、建、管(监)、用”一体化行政委托以及非专业管理的弊端而推行的一种市场化的政府投资项目管理制度。
在政府投资项目代建制中，政府与代建人是合同关系，政府选择具有相应资质的项目管理公司作为项目建设期间的法人，政府只能通过合同约束代建人，而非行政权力。由于信息系统工程项目具有一次性的特点，所以项目代建人担当的是一次性专业化业主的角色，承担了实现项目管理目标的责任。在项目建设期间，项目的决策控制权和决策经营权分离，由此构成了政府投资项目代建制下的新的委托代理关系。
政府投资主管部门负责政府投资项目代建制的综合管理，政府财政主管部门负责项目资金使用的监督管理，政府建设主管部门负责项目实施过程中的建设行政管理，其他相关行政主管部门按照各自职责分工做好相关管理工作。
信息系统工程监理和代建之间的区别是非常明显的: 两者在工程项目建设过程中所担当的角色不同，代建单位的角色是代替建设单位(业主)负责工程项目的投资管理和建设; 监理单位的角色更多的像是建设单位(业主)的管家，负责工程项目建设过程的管理和控制。换言之，监理是受代建单位委托行对信息系统工程项目建设全过程或某一阶段实施监督管理。
信息系统工程采用代建制时，工程项目实施建设的三方主体由代建单位、承建单位和监理单位构成，即在工程项目建设过程中代建单位行使甲方的职权，监理则仍处于独立的第三方地位，对承建单位(乙方)的项目实施过程进行现场监理。
监理与审计的关系
项目审计是对项目管理工作的全面检查，包括项目的文件记录、管理的方法和程序、财产情况、预算和费用支出情况以及项目工作的完成情况。通常项目审计是从第三者的角度对项目财务活动进行再监督。其实，任何单位内部都有监督体制，审计之所以被广泛接受，是因为政府机关和企事业单位的财务经营活动备受纳税人关注，需要权威的独立部门严格监督。在防止财务经营作弊、遏制腐败现象滋生、保护国有资产等方面，国家审计机关发挥着不可或缺的巨大作用。
信息系统工程项目审计既可以对拟建、在建或竣工的项目进行审计，也可以对项目的整体进行审计，还可以对项目的部分进行审计。如项目前期的审计包括项目可行性研究审计、项目计划审计、项目组织审计、投标审计、项目合同审计; 实施过程中的审计包括项目组织审计、报表和报告审计、设备材料审计、建设项目收入审计、施工管理审计、合同管理审计; 项目结束审计包括竣工验收审计、竣工决算审计、项目建设经济效益审计、项目人员业绩评价等。
按照审计主体划分，项目组织自设的审计部门主要是针对信息系统工程项目的财务活动进行监督审核，向本单位的行政首长负责，属于内部审计。一般中小型项目只进行内部审计，但大型项目除了内部审计，还要进行外部审计。外部审计则分两类: 一是由依据一定法律取得审计资格的会计师事务所等社会中介机构，受企业的委托对企业经营活动所进行的带有中介性质的审计活动，这属于社会审计; 再有就是国家审计，国家审计机关依照宪法的规定设立，对国务院各部门、地方政府及其各部门的财政收支，对国有股份超过51%以上或占有控股地位的国有金融机构和企业事业单位的财务收支，进行的审计监督。而在这三者中，国家审计强制性最强，独立性最强，被审计单位的层次最高。
虽然监理和审计两者都是立足在第三方的立场，公平对待委托方与被监督方，并要求确保独立性、公正性、公平性，但是监理和审计两者之间还是有较大差别的。