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1. 监理对第三方的超然独立要求严格，因此在保证客观、公正、公平上更有可操作性。
2. 在工程项目建设过程中监理强调的是过程控制，而审计更多地偏重于“秋后算账”。
3. 监理的目的是保证工程质量、进度和投资满足合同要求，监理活动随着工程的完成而结束。审计的目的是合理保证系统能够保护资产安全、数据完整、系统运行的安全可靠，其核心是信息系统的效率、效果。不仅包括对建设过程的审计，更重要的是对信息系统的运营审计，向公众出具审计报告。
链接:IT工程项目管理中的一个体系与两个层次
IT工程项目管理中的一个体系是指在信息系统工程建设的组织上和法规上形成一个完整统一的系统。政府从组织机构和手段上加强和完善对信息系统工程建设过程的监督和控制，同时把建设单位自行管理项目的封闭式体制，改为由建设单位委托专业化、社会化的信息系统工程监理单位管理工程项目建设的开放体制。社会监理工作在信息系统工程建设中自成体系，有独立的思想、组织、方法和手段，奉行公正、科学的行为准则，坚持按工程合同和国家法律、行政法规、规章和技术标准、规范办事，既不受委托监理的建设单位随意指挥，也不受承包施工单位和设备材料供应单位的干扰。
两个层次指工程建设的宏观层次和微观层次。宏观层次指政府监管; 微观层次指社会监理。两者相辅相成，缺一不可，共同构成我国信息系统工程项目管理的完整体制。
政府监管是指我国政府有关部门对信息系统工程项目建设实施强制性监管和对社会监理工作进行监督管理。政府监管对信息系统工程建设活动覆盖两个阶段，即项目决策阶段和工程建设实施阶段。两个阶段分别由计划部门和建设部门实施监管。
社会监理是指信息系统工程监理单位受建设单位委托，对信息系统工程项目建设全过程或某一阶段实施监理。它既与建设单位签订委托合同，代表建设单位，又处于独立的第三方地位，主要依据建设单位和承建单位双方签订的工程承包合同，以及有关的法律、法规、标准、规范等，具体组织管理和监督信息系统工程项目实施活动，在工程实施阶段控制项目费用、质量和进度，并维护建设单位和承包施工单位双方的合法权益。