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对于并购后的企业，公司高层的视野必须脱开原有的组织系统，将合并后公司内部同类业务作为一个整体来考虑。例如如果华药和石药最终合并，就需要新的领导者从青霉素、维生素C等业务的整体进行战略考虑。这一点非常关键。
管理和组织机构则是确保新公司初期阶段顺利开展工作的基础。并购交易完成后，最迟不超过一周内应该任命高级管理层，以确保领导的影响力。随后在最初的几个月内选定中级管理层，以保证各级组织机构顺利转变。为了使人才的选拔不会对被收购公司的人员产生歧视，加速双方管理层的融合，减少因用人不当而导致的冲突，企业可以在公司内部通过管理审计的方式来选择潜在合适的管理者。管理候选者将接受主动性、领导能力、竞争能力和评估能力等各方面的审计来决定其职位。与此同时，新公司在转变阶段需设计好未来的组织机构。
第二个方面是整合管理，它是调节控制并掌握兼并过程中的理性和感性因素的综合管理。其中理性因素解决兼并中的操作性和理性方面的问题，包括项目组织、职责确定、时间框架和阶段节点辨别、项目行动和项目文件。企业中需要建立贯穿企业内部各个部门的整合委员会、整合办公室和整合项目组这三个层次的整合组织来指导和解决整合中出现的问题，并明确三者的任务和职责。而感性因素注重掌控兼并中感性方面的问题，包括对企业文化的审计、冲突管理、激励机制的建立以及企业内部和外部的沟通交流。
第三个方面是沟通管理。由于并购无论对并购双方或多方而言，还是对整个行业乃至市场而言都是一场变革运动，因此也必然存在许多不确定性。成功的交流沟通策略能在企业处于不确定阶段保持组织的稳定。企业的交流沟通需要在企业内部和外部同时进行，并且对不同的目标群体需要以不同的方式和不同的时间点进行交流沟通。在企业内部，目标群体可分为管理层、雇员、工会和项目组成员;在企业外部，可分为股东、客户、供应商、政府、银行等等。那么对于企业内部的项目组成员可以每天以讨论会或面谈的方式进行口头交流;而对于外部的股东则以定期报告进行书面沟通。同时，对沟通后的反馈信息也需要及时收集和汇报。
最后一个重要的方面是协同效应的管理，它是围绕项目控制的一个重要工具。并购最终成功与否是由并购是否产生了企业附加价值来决定的。企业附加价值可体现为一些可测量因素，包括销售增长和成本降低;也可以表现为知识的集聚和积累以及文化的受益等不可测量的因素。
以可测量因素中的成本降低和销售增长为例，我们可以通过减少企业间的重复性、调整项目规模大小、提高效率等途径消除一些不必要的成本;通过调整产品线达到产品组合互补、调整客户覆盖面和利用企业的综合能力来实现额外的增长。因此，这是一项覆盖公司生产制造、研发、采购、市场营销和行政管理各个部门的管理工作。例如生产制造部门，可以通过生产基地的专业化、产品线的多样化以及生产技术的提升来降低成本;通过加强灵活性以满足需求变化来实现业务的额外增长。
并购后整合的这四个主要方面在整合的工作启动阶段、整合计划阶段和实施阶段中侧重点不同，但全面整合的思想需贯穿始终。