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“在陈新华来沪以后，我们感到华润的重组思路发生了微妙的变化。”上述华源高层告诉《中国企业家》，“曾经有一段真空期，没有人来管华源的事。”
据知情人介绍，当时华润内部对华源的重组思路发生了分歧：一部分人认为，华源的财务黑洞太多，已经资不抵债，重组不能采取注资、合并的方式，而应该是分拆、破产的方式;另一部分人认为，华源的资产情况没有那么糟，可以挽救。争论的结果是持第一种意见的人占了上风，而持第二种意见的宋林不再负责重组一事。
“真空期”过后的9月份，华润突然宣布华源换帅，任命乔世波为新华源集团CEO，华源创始人周玉成隐退，华润集团董事阎飚和华源集团总裁张杰同时出任新华源总裁，阎飚负责集团的投资事宜，张杰负责集团的具体运营工作，华源开始了双总裁时期。
从这以后，张杰已经失去了对华源重组的话语权。
2006年10月24日，国务院国资委官方网站正式披露：国资委持有的华源集团9.13%的股权无偿转给华润。此后，华润与鼎晖投资分别出资50亿元和20亿元作为重组资金，全盘收购了其他19家小股东持有的华源集团股权。
华润对华源的重组改造从总部开始。首先建立小总部-大利润中心的模式，从2006年11月起，华源总部的职能部门从15个减少到7个，管理人员从190人减至66人。
曾用于整合医药产业平台的华源生命产业有限公司职能也直接上收华源集团总部。在新的重组思路下，华源开始朝着分拆、破产的方向前行。
根据德勤清产核资的结果，截至2005年9月30日，华源仅集团层面负债就有43亿元，而直接或间接参股、控股的上百家企业所组成的华源系银行负债高达251.14亿元，集团旗下直接或间接拥有的7家上市公司正面临着严重的债务危机。
华润把华源旗下的纺织业务合并到华润，把医药产业的优质资产分拆出来，对那些经营不善、负债多的企业采取出售还债的办法。在这种思路下，华润首先把四家直接控股、被称为“嫡系”的壳资源卖掉，以最大程度地降低连带债务。
2007年8月31日，随着上海拍卖行的鼓槌落下，方达集团在无其他公司举牌的情况下，以71.88万元的底价拍下中国华源生命产业有限公司所持有的ST源药(600656.SH，2008年8月13日变为ST方源)6166.94万股，占比41.09%的股份。