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战略保障：可以迅速反应的董事会
战略管理理论认为：战略与组织结构之间是一种相互作用的关系。当两者互相适应时，企业战略将得以更好地贯彻落实，从而突出企业的竞争优势;而当两者之间不相适应时，就会影响战略实施，导致企业业绩难以提升。因此，必须在组织结构上保障确定好的企业战略能够顺利的实施。而组织结构的设置，第一要务则是董事会架构的搭建。
2006年底，阿里巴巴集团将阿里巴巴B2B业务、淘宝网、阿里软件、支付宝和雅虎中国五个事业部独立成五家子公司，每家公司单设董事会，马云任各个子公司的董事长，各子公司管理层向董事会直接汇报工作。据时任雅虎中国总裁的曾鸣介绍，在这些子公司董事会中，雅虎创始人杨致远、软银创始人孙正义均不占席位。而分拆之前，雅虎是阿里巴巴集团第一大股东，拥有40%股权和35%的投票权，日本软银集团拥有26%的股权。据《财经》报道，对于这种架构，马云解释说：“如果(董事会)只有一个脑袋，坏了就全坏了。五家子公司各自设立独立董事会，可以分散风险。”
但这种架构设置，也曾招致媒体的质疑。质疑者认为，马云性格好强，属于那种有强烈的建功立业欲望的企业家，不希望别人经常做他的主。因此，当强势的马云坐镇各子公司，由各子公司向其领导的董事会汇报工作时，很容易造成子公司权限太小而压力太大，影响子公司的成长速度。这其实是典型的董事会与经理层之间的授权是否充分的问题。然而，对所有的公司来说，建立董事会和经理层之间的信任，都不是一蹴而就的，而需要长期的磨合和市场的检验。对一个出生不久的淘宝来说，这种架构设置则是基于产业和资源配置的考虑。
在阿里巴巴实施电子商务的战略中，各子公司的角色主要是采用、发扬母公司的各种能力，并在此基础上开拓、发展、巩固新的业务领域。在各子公司成立初，对母公司的依赖性较强。因此，很多新产品、新技术、新情况等方面的知识多由母公司开发，并流入到子公司，呈现出传统的“单向”流动模式。这在各个子公司成立之初，体现得尤为明显。此外，身居急剧变革的电子商务行业，一般来讲，马云在整个行业中的影响力，超过集团的其他人，因此，马云坐镇各子公司，也成为一种符合企业实际的必然选择。
如前所述，产业不断高速发展，据易观国际预测，到2011年中国线上B2C市场规模将达到136亿元，从2003年到2011年线上B2C市场规模的年均复合增长率达到为48。63%。这些就更加使马云坚持自己的发展战略：阿里巴巴要随着网商群体的成熟进行转型，“阿里巴巴的目标就是转变为一个综合交易平台，凡是中小企业需要的，我们都会设法满足。电子商务解决了经济发展的地区不平衡，降低了中间成本，推动了制度创新和就业。我们最终设想阿里巴巴要做到一个‘生态系统’的概念——从金融、技术、物流、信息资源等各方面为网商提供完整的交易环境，而非做到简单的供应链概念。”而这个战略的实施，需要有影响力的人来统领，马云则是最为合适的人选。
此外，淘宝网第一任总裁孙彤宇同时担任阿里巴巴副总裁，自2003年带来淘宝团队创业，也积累了丰富的电子商务实战经验。与马云的长期磨合，使他能够对突然发生的事件作出快速和统一的回应。