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1、内企竞争加剧
限于研发创新能力的不足，多数制药企业GMP改造后，扩充的产能无法消化，多数企业选择了仿制这一“投入少、周期短”的捷径。
当时的政策漏洞，也对此持默认态度。甚至允许企业通过换商品名重新上市，重新定价，重穿“新药”马甲。
“一药多名”，导致同品种生产企业数量众多，市场同质化引发价格战，加剧无序恶性竞争，进一步压缩行业盈利空间;企业促销费用过高，无力研发，陷入恶性循环的泥沼，不能自拔。
受反商业贿赂的冲击，失去行业“潜规则”的庇佑，暴露在阳光下的产品，脆弱的不堪一击。产品禁用商品名、标签和包装修改、通用名处方、降价等，致使产品的竞争力几乎消失殆尽。
随着外部政策监管收紧，钻空子的可能性，已经降到最低点。
2、外企加速布局
欧美跨国巨头加快中国市场的战略性布局，民族药业发展更加困难。
有资料显示，70%的高端医院市场已经被跨国公司占据。除了保持既往的专利产品的专业化推广，实施学术化营销战略外，外企还在加速布局中国市场。
其一，高举专利利剑，实现产品垄断。2006年10月，江苏3家医药及化工贸易企业在法国巴黎参加原料药展览会期间，法国赛诺菲-安万特集团以涉嫌侵犯其专利产品利莫那班专利权为由，将这3家企业的6名参展代表起诉至当地法院，被控“有组织的团伙冒牌制造专利保护产品”等5项罪名。这成为专利侵权的标志性事件。
其二，在中国建设研发中心，加快专利药生产和科研本土化进程，对国内药企实现更猛烈的冲击。2006年11月16日，瑞士诺华生物医学研究有限公司在上海张江高科技园区揭牌，投资1亿美元，这是继诺和诺德、阿斯利康、礼来、施维雅、罗氏、葛兰素史克、辉瑞等多家跨国制药企业后又一研发中心。
其三，加速资本布局。拜耳以巨资收购东盛启东盖天力止咳和抗感冒类西药非处方药业务和相关资产，目的是并购其优质渠道资产。
其四，扩充队伍。欧美的辉瑞、礼来、拜耳等欧美巨头，日本大冢、韩国韩美等亚洲企业，都在扩充医药代表队伍，目的是抢占人才资源。