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(二)缺乏可行的、统一的经费开支标准。由于现行的经费开支标准远远落后于实际，给会计人员的实际操作带来困难。比如现行的差旅费开支标准与实际支付有较大差距，在报帐业务的审核中，会计核算中心把关较为困难，灵活性与原则性的尺度较难把握，势必造成与各预算单位之间的矛盾;各预算单位执行不统一的经费开支标准，或者没有按经费开支标准规定执行，以及预算单位自立名目发放福利奖金的现象时而发生，这就经常会产生对某一支出项目预算单位请求支付与核算中心拒绝支付的矛盾，这也是摆在核算中心面前急需解决的问题。
(三)会计核算与财产物资管理相脱节。集中核算将记账、算账、报账等工作进行了集中，而对实物、资产、合同等需要反映的经济事项分散在单位，造成会计管理职能难以深入，虽然强化了会计核算职能和监督职能，但弱化了会计管理职能。单位的会计活动是财政管理的重要组成部分，撤销会计机构，取消会计岗位，等于取消了财政工作的基础，给财政的会计管理工作带来很大的影响,如果不加强解决预算单位财产物资管理，又将造成新的腐败之源。
(四)核算中心人员少，工作量大。建立会计核算中心后，取消了单位银行账户，由财政部门在银行开设统一核算账户，集中办理资金收付，进行统一会计核算;预算单位不再设会计人员，实行报账员报账制度。所以，各单位的财务工作主要都集中在会计核算中心。从各地会计核算中心的运行情况来看，都普遍存在着核算中心人员少、工作量过大，报账员在中心报账等候时间较长，核算中心的明细科目分类过粗，以至单位无法了解单位的财务活动的真实情况，从而使核算单位与中心之间造成一些矛盾，特别是核算业务量较大的核算中心，这些矛盾更加突出。宿迁市宿城区行政事业单位的原有财会人员超过 100人，而核定给会计核算中心的编制只有6人，实际到位的只有4人，负责区本级123家行政事业单位的会计核算工作，其工作量可想而知。如果核算中心人员长期超负荷的工作，势必造成诸多不良的后果。
四、对完善会计核算中心的建议
(一)强化预算管理，建立一套科学的公共支出预算管理体系。部门预算是一个涵盖部门所有公共资金的完整预算，其预算编制以部门为单位，将各类不同性质的各项财政资金均统一反映在该部门的年度预算之中。部门预算的编制采用综合预算形式，统筹考虑部门和单位的各项资金，将预算内外资金全部纳入政府综合财政预算管理。因此，要进一步推行预算管理改革，制定科学、符合实际的定员定额标准，改进和完善预算支出科目体系，早编细编预算。通过提前编制预算，延长预算编制时间，使预算细化到各个部门及各个项目，提高预算的科学性、合理性。预算单位所有的财政支出都要严格按规定标准和相应的科目列入预算，预算一经审核批准，财政部门和预算单位都要严格按预算执行;财政部门要对各部门实行从预算编制、预算下达、资金拨付到资金使用的全过程监督管理，并追踪问效，切实强化预算管理，为会计核算中心运行提供良好的外部环境。
(二)转变会计职能，从核算型向管理型转化。目前会计核算中心日常主要的工作是资金支付和会计核算，然而，如果将会计核算中心仅仅作为一个记帐机构是远远不够的，更要着重预算执行信息的反馈和控制。必须加强预算资金支付的事前控制，在决定资金支付之前应确定是否应该支付、如何支付，而不能到支付完了事后才来明确。核算中心工作人员在收到预算单位支付申请后应确定是否可以支付(即是否符合有关政策规定)，如何支付(即占用何指标、列支何科目)，然后才可以通知银行付款。会计核算中心的发展，必须要从核算型向管理型转变，彻底扭转将核算中心视作单纯的核算机构的观念。