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无论是分业监管导致的监管权分散，还是同一监管权被分割，都有可能导致监管机构间各自为政、分割市场，不仅增加服从成本、影响监管效率，而且容易造成投资者对市场缺乏预期和信心，最终影响整个市场的效率。改革势在必行。
大部制改革与部门间的协调配合
面对监管权过于分散所带来的种种弊端，从国际经验来看，主要有两种改革思路：一是整合成立新的综合性监管机构，统一行使某一领域的监管权;二是维持现有监管架构，同时加强机构间的沟通协调。前者体现了大部制改革在监管领域的具体要求。
1. 整合成立新的综合性监管机构
打破相关产业的传统界限，整合相关主管机关的职责范围，对性质相同的产业或监管事项整合由单一机构监管，应该是最有效率的权力配置模式。这种模式不仅可以减少行政资源因业务重叠所造成的浪费，提高监管效率;而且，能够加大利益集团的交易成本，降低监管机构被捕获的可能性;同时，单一的机构、单一的监管规则和程序可以避免政策及执法的不一致，提高监管的公正性和可问责性。最后，可能更重要的是，有利于相关领域产业政策的通盘规划，充分发挥相关产业替代竞争的作用，比如对航空、铁路、高速公路、水运等各式交通的综合监管，可以消除和减轻“独家”的垄断行为，更好地发挥市场在资源配置中的作用。
欧盟(EU)、国际电信联盟(ITU)、经合组织(OECD)等国际组织的研究报告均认为，长期而言，分立片断的监管机制不符合产业发展的需要，各国应作前瞻性考虑，适应产业汇流的趋势，整合各监管机构的职权。近年来，欧美等工业先进国家也纷纷检讨相关监管机制，监管权的配置呈现日益整合的趋势。中国推行的大部制改革是这场世界范围内的监管体制改革的一部分，是完善政府监管体制、提高政府监管能力、增强国际竞争力的必然要求。
但是，我们必须承认，整合不同监管机构，推行大部制改革，不仅成本较高，而且需要一定的制度条件作为支撑。从发达国家行政改革的成功经验来看，除了得到包括有限政府、法治政府、公开政府等原则的支撑外，大部制的基础在于分散化的公共治理结构，以防止一个部门权力过于集中所导致的各种弊端。不具备这样的制度基础，简单的组织合并，只会导致“外部问题内部化”。
因此，中国此次机构改革确立了积极稳妥、循序渐进的改革方针，不求毕其功于一役，首先在一些形成共识的重要领域，包括交通、卫生、工业和信息化、人力资源和社会保障等，积极推行大部制，整合相关部门的职责;同时，又考虑到经济社会发展中面临的诸多困难和潜在风险，在其他领域，采取适当过渡或在集中改革后根据情况的变化再适时调整的方针。对这次改革未涉及的领域和部门，应通过加强部门间的沟通协调来缓解职能交叉、重复所带来的问题。
2. 加强监管机构间的协调配合
实际上，每个国家都不同程度地存在监管权力配置的重叠、冲突问题，而且随着技术的日新月异和竞争范围的不断扩大和深入，这些问题会日趋严重，尤其在能源、电信、交通等公用事业领域。面对这些问题，设计科学的监管体系结构，明确界定每个监管机构的职能，尽量避免监管职能的重复设置，是解决监管机构间重叠、冲突问题的首要选择。但是，有些领域或者一个国家在过渡时期，监管机构的重叠问题在所难免。通过建立有效的沟通协商机制，快速解决相关监管机构间管辖和执法不一致问题，可以在一定程度上缓解职能交叉、重复带来的问题。这种方案不涉及机关组织的调整及变动，是成本较低的解决方式。