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中国目前正处于改革的关键期，面临着许多困难和潜在风险，加之经济、政治、法治、文化等各方面的制度条件还有待进一步健全和完善，盲目追求大部制，反而会欲速而不达。所以，此次机构改革只是在一些条件较为成熟的领域探索实行大部制，其他领域的监管权分散问题还没有解决或者说没有彻底解决。比如，金融领域的分业监管、电信领域的分业监管以及改革后交通运输部和铁道部的关系、环保部和水利部在水污染监管权方面的分工等。对于中国来讲，在推行大部制改革的同时，更重要也更急迫的或许应该是，在现有监管机构间建立有效的沟通协调机制，促进监管机构间的合作。
要实现监管机构间的协调配合，首先必须统一对监管原则和监管目标的理解与执行，这是实现合作的首要条件;其次，必须确定诸如透明、无歧视等统一的监管标准，制定统一的监管程序，并完善事先以及事后的监管影响评估制度，这是监管机构建立协调的重要制度因素;再次，需要建立必要的沟通机制，通过定期和不定期的听证会、协调会，建立监管机构间信息共享、沟通协调的机制。沟通协调不仅有助于不同监管机构间的合作，而且能够促进不同地区以及国际间监管机构的合作。后者在经济一体化的今天日趋重要。
大部制与监管机构的独立监管
根据2008年《国务院机构改革方案》，多个作为国务院直属机构的监管机构被重组为国务院部委管理的国家局，其中包括国家食品药品监督管理局改由卫生部管理;国家民用航空局和国家邮政局改由交通运输部管理;新建国家能源局由国家发展与改革委员会管理等。由此也引发了人们的疑虑：这种部内监管机构的设置模式是否会影响独立监管职能的发挥?如何处理大部制与监管机构独立监管之间的关系?这些问题处理不好，不仅可能使机构改革重新陷入政府机构简单的分合之中，而且会直接影响转变政府职能这一根本改革目标的实现。
1. 监管机构独立监管的重要性
监管是市场经济体制下，政府为矫正市场失灵，基于法律制定相关规范标准，对市场主体的经济活动以及伴随其经济活动而产生的社会问题(比如环境问题、产品质量和安全问题、工作场所安全问题等)进行规范和控制的活动，是市场经济体制下政府的一项重要经济职能。
面对市场主体和利益主体的多元化，监管机构必须基于一种客观、中立、超然的立场，制定并执行公平的市场游戏规则。如果监管机构不能自外于各种利益集团的压力，甚至有自身利益牵涉其中，那么，非但无法做出公平的裁量，其超然独立的地位也将受到质疑，从而影响市场秩序。因此，独立性是监管机构实现对市场稳定、一致、高效监管的前提，是其扮演好市场公平竞争秩序维护者角色的关键因素。
特别是对处于经济转轨时期的中国来讲，国有企业和国家参股企业在市场中仍占据非常重要的地位。如果监管机构不能保持一定的独立性，其执行监管任务的公正性就容易受到投资者质疑，从而有可能动摇其投资的信心。在这种背景下，建立一个独立的监管框架，将国家原来同时承担的所有者职能、宏观政策制定职能和市场监管职能适度分离，对吸引投资、促进市场的发育和完善就显得格外重要。
2. 大部制与监管机构独立监管的关系
既然独立性是监管机构设置的核心要素，那么，这次机构改革将一些监管机构设置在大部之内，是否会影响监管机构独立监管职能的发挥呢?
从国际经验来看，现代意义上的监管机构有两种设置模式：一种是独立于传统行政部门的监管机构，典型代表是美国的独立管制委员会。另一种是隶属于传统行政部门的监管机构。二者都有其合理性。前者的独立性更强，但两者均要求有一定的独立性。
部内监管机构不同于计划经济体制下政企合一、政监合一的行政管理体制，监管机构设在部内并不等于否定监管机构的独立性，不能因推行大部制否定独立监管的作用。相反，应通过法律机制，确保部内宏观政策制定职能与专业监管职能的适度分离，保证部内监管机构在法律地位、组织结构、人事任免、财政预算和监督机制等方面具有相对的独立性，免予各方面的不当压力，充分发挥其专业监管的功能。
推行大部制只是行政管理体制改革的一种表现形式或者一个方面，转变政府职能、提高政府绩效才是目的。如果不能正确处理大部制与独立监管的关系，如果简单地将监管机构当作部门内的司局设置，又会产生职能不分与权力过于集中的“家长制”弊端，不利于形成科学的政府治理结构。因此，在改革过程中，应正确处理大部制与独立监管的关系，要通过法律机制确保部内监管机构独立监管的法律地位，从而保证转变政府职能、提高政府绩效的总体改革目标的实现。
(本文由中国经济体制改革研究会公共政策研究部供稿)