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自主经营的问题。省联社对市、县联社的贷款审批进行严格的权限管理，自上而下逐级核定审批权限，规定县联社单笔最大质押贷款权限为400万元，抵押贷款权限为300万元，基层信用社仅能审批3万元以下的小额农贷及10万元以下的小额存单质押贷款。同时，建立了大额贷款备案制度，县联社发放单笔100万元以上贷款，都必须报上级联社备案。以某县联社为例，全年需要报上级联社审批的信贷业务占比超过业务总量的10%，需要登记备案的贷款占比超过40%。经营、分配、资产处置权力控制更是严格。省联社每季度按县联社总收入的0.5%提取管理费用，并对市、县联社资金上存下达指令性指标，造成信贷资金外流现象。
包袱化解的问题。通过央行票据的发行与兑付，给农村信用社带来了实实在在的资金支持，但由于农村信用社长年形成的历史债务积重难返，包袱仍然沉重。
股金稳定的问题。目前农村信用社股本金结构失衡、股权分散虚置、资格股比例过大、股本金不稳定等隐患已经显现，对后续经营可能造成不利影响。
下一步改革的深化要积极转变政府服务职能支持和鼓励地方政府通过出资、土地置换等合理渠道，帮助农村信用社消化历史包袱、充实资本金。继续坚持倾斜的货币政策，在准备金率、利率、再贷款等方面对信用社发展给予支持。建立健全农户和农村企业的贷款抵押担保机制,鼓励信用担保机构积极拓展符合农村特点的担保业务。
理清体制，深入推进管理体制改革。根据市场化原则，逐步理清省联社与基层法人社之间的权责关系，大力支持符合条件的农村信用社和农村合作银行改制为农村商业银行。鉴于我国经济发展不平衡的现状，对农村信用社管理体制和管理模式的改革要结合实际，因地制宜。对城市化和农业产业化发展程度较高的地区，可以组建农村合作银行或农村商业银行;对发展已经起步并逐渐规范的地区，要努力加快其股份制改造进程;对整体发展水平仍比较差的地区，可以在一定时间内继续保持现有省联社模式，但要规范履职行为，引导其逐步向市场化转化。
优化股权结构。对现有实行合作制和股份合作制的机构，要适时进行股权结构改造，将“资格股”、“投资股”逐步改造成为股份制下的“优先股”和“普通股”，为其向商业银行转轨创造条件。同时，要通过引进战略投资者等方式，解决股东分散、股金不稳定和内部人控制问题。
创新制度，着力激活农村金融市场。一是逐步建立和完善农村信用社利益相关者管理模式，赋予农村信用社多元化的发展目标。既要追求所有者、决策者、经营者之间的权责分配制衡，又要重视在企业内部形成科学决策机制;既要对股东负责，维护股东的权益，又要肩负政策职责，实现相关利益综合价值的最大化，避免出现资金非农化和外流现象以至损害农村区域发展的社会利益。二是通过政策引导，推动各类资本有序流入农村金融市场，加快构建贴近“三农”、服务高效的农村金融体系，使农村信用社逐步由政策化方式过渡到主要依靠商业化、市场化方式支持农村建设。