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业务流程的整合。由于各企业的业务流程是其独立设计的，且站在不同角度设计的流程会有不同的功能，例如一个企业的销售流程则是另一个企业的采购流程，因此供应链业务流程整合相对于单个企业来说复杂的多。James Champy认为，企业间流程重组是一条艰难的协调之路。目前许多研究者在这一方面提出了很好的构造模型，不管采用哪一种模型，以下几个方面都是必须考虑的：
应用相关的信息技术构建相应的信息共享平台，实现节点企业、顾客及其他相关者低成本、间接和实时的信息沟通。有效的信息沟通是供应链联盟企业合作博弈实现的必要条件。在供应链联盟企业跨越地理区域和现实环境要求供应链快速、增值、协作的条件下，“面对面”的信息沟通已经不能满足快速反应要求。而基于现代信息技术的信息共享机制的建立，为供应链管理的有效信息沟通提供了坚实的物质基础。Internet的发展，使供应链信息集成的成本大为降低，中小企业及顾客可以同大企业一样获取、处理信息。比如以制造商为核心的供应链，若制造商采用ERP系统在企业内部建立起高效的内部网，以保证信息在企业内部畅通，然后再与供应商、经销商、顾客等通过Internet建立起跨组织的外部网，并确定各组织单位信息共享的权限范围，不仅可以实现联盟企业以较低的成本进行信息交流与沟通，还可以帮助企业了解顾客的购买行为，及时响应顾客的需求。
提高企业的标准化水平，保证企业间业务流程的良好联接。供应链管理要求在供应商、制造商和最终消费者之间形成较为平滑、畅通无阻的信息流、物流和资金流，以保证业务之间的无缝联接。而标准化是保证其实现的一个必要的前提条件。因此整合企业间业务流程首先要实现各企业的标准化，包括采用的信息支持技术中的软硬件技术及技术版本标准化、商品物料代码标准化、客户代码标准化、业务标准化等。在标准化工作中，企业要按照客户对信息的要求和标准化带来的绩效，确定各自标准化的范围和水平;在内部标准化的基础上，再着手与外部组织之间实现标准化，以确保相关信息、物资、资金等在企业与客户、供应商之间更为顺畅地流动。
业务流程的透明化和公开化。透明和公开的业务流程可以使合作伙伴更多地了解彼此的需要