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二、科研绩效考评：软周期的绩效计划协议
在一个组织里，当活动和任务具有很强的同步性时，可以采取相同周期和共同时点的考评。很多生产、服务性企业都有这种特征，所以他们在对员工的考评时可以采取非常一致的做法，比如全部按季度、年度考评等。而科研活动是由一个个内企业家或内企业家群体独立完成的，活动和任务的同步性很差，所以也像其它组织那样采取相同周期和共同时点的考评方式，是不适合的，应采取因人而异的周期和时点进行考评——上海复斯管理咨询公司称之为“软周期”考评。
软周期考评，还包括另外两方面含义：一个是之前对某人确定的考评周期和时点可以变动。这是由科研生产的不确定性造成的，事前的科研计划不能保证科研结果的必然实现—— 和生产性企业不同，所以必须随着科研的进展，不断调整科研路线和科研计划。调整的科研路线和科研计划，本身也就内含了科研业绩的调整，所以，需要对以前确定的考评周期和时点相应的做调整;另一个是科研成果的评价具有开放性，可以在未来进行反复评价，业绩增长部分可以计入当期的整体科研绩效之中。这是因为，科研结果的价值评价受未来的科技进展和经济社会实践的影响，当前评价的准确性差，基础研究尤其具有这种特征。因此，科研成果的当期业绩评价虽一次性的计入在当期，但如果未来的科研和实践有证据表明原成果有更大价值，则经过申请，可以重新进行评价，并将增值部分计入当期的业绩结果。
软周期考评需要建立在个人和组织之间的绩效计划协议基础上。科研虽然是探索性过程，但同样是可管理的，一个优秀的科研人员对他未来的行动总有一个明确的路线图，尽管这个路线图是在过程中不断创造的。科研人员或科研临时组织应该有自己的研究计划，在研究计划基础上，应同时提供一份绩效计划，在通过和常规组织部门协商后，成为双方共同遵行的绩效考评协议。当然该协议可以随时根据当事人的申请进行必要的调整。事实上，国外有这方面的类似实践。美国的《政府绩效与结果法案》规定，各部门在编制预算、提出支出要求时，必须制定出一套能反映部门业绩、便于考评的绩效指标，并定期提供长期战略规划、年度绩效规划以及年度绩效成果报告等三种报告。科研宏观管理尚且做得如此到位，作为微观主体的科研机构没理由不能在业绩管理上做得更精细些。
三、科研薪酬分配:绩效工资的负债式预提
按业绩获取收入是合乎自然法则的，科研院所也正在尝试绩效工资的做法。内企业家管理模式下，由于对科研人员的考评，依据的是具有软周期特性的业绩计划协议，所以，该模式下实施的绩效工资的兑现也具有软周期的特性，可能很长一个阶段(几个月、甚至几年)都没有可兑现的业绩工资。这样，科研人员的收入就会有很大的波动性，对个人的正常生活产生很大影响。
上海复斯管理咨询公司在管理咨询实践中，采取负债式预提分配、建立奖金池和业绩考评时点清算兑现的方式，平滑科研人员的收入波动。科研人员的收入模式采取：“(月)固定收入 (月)预提绩效工资(考评时点)绩效结算工资”，其中月预提绩效工资计入个人负债，绩效考评时点计算的绩效工资计入个人收入，由绩效工资构成的收入减去由预提绩效工资构成的负债形成的余额，是考评时点的绩效结算工资。结算工资为负时，作为延期负债在下一期绩效工资收入中偿付。另外，为了进一步平滑科研人员的收入波动，科研机构应建立奖金池管理制度，将绩效结算工资的过高部分放入个人的奖金池中，用于以后年度或月份的收入分配，以实现以丰补歉。