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在应急指挥方面，大多数情况下，我国能迅速成立灾害现场处置总指挥部，对所有参战的单位进行有效调度，能围绕抢险抗灾救人的目标实施救援。而在参与处置突发性的大型灾难时，参战救援队伍的隶属、组成、救援人员的综合素质各不相同，加之，平时很少进行针对性训练。在实际救援过程中，有一个相互熟悉、逐渐适应的过程，对处置灾难性事故的进程有直接而重要的影响。为此，我们要在统一指挥机构的领导下，有计划、分专业、分批次地进行训练，并定期进行合成训练或者模拟演练，以提高救援队伍的综合素质和整体作战能力。
(二)扩充抢险救援人员编制，加大对专业人员培训力度。从形势发展来看，各类灾害事故发生的数量和频率都在增加，而人员编制却没有得到相应的增加，难以及时应付一些大型的突发事故。尽管在四川汶川地震发生后，国家编制机构对消防等部门的编制有所增加，但仍难以适应新形势和新任务的需要，需要结合各地实际情况，进行一定的扩充。在专业人员的培训方面，我国的一些职能部门和机构加大了对专业人员的培训力度，但国家没有建立一个综合性的培训机构，且按计划、分层次进行综合培训的内容较少，导致各职能部门之间对彼此的职责、应承担的救援任务、各自所拥有的装备资源等不太清楚，相互协作救援的程序和内容不太了解，影响了应急指挥的响应程度和实际处置能力。在训练方面，要通盘考虑，稳步推进。可以考虑由当地党委政府牵头，按照当地的应急计划，规定培训内容，统一培训教材，经常性组织有关部门的领导和救援力量进行合成训练，提高其综合素质，建立良好的协作关系。
(三)健全各类运行机制，实行精确化、一体化指挥救援。在长期的实践中，我国有关职能部门积累了一些经验，基本上能处置本系统内发生的灾难性事故。因部门之间交流合作的机会少，又很难遇见综合性强、涉及面广的突发性灾难事故，导致在重特大灾害事故的应急指挥体系中，容易出现工作被动、人员忙乱、定位欠准确，职责不明晰等现象。避免这种现象，要严格贯彻“统一指挥、分级响应、属地为主、公众动员”的原则，积极建立预警防范机制、快速反应机制、评估补偿机制、信息通报机制，认真制订好综合性的应急计划，将各部门的应急计划涵概其中，尽量避免应急计划的项目欠缺、效能较弱、内容空泛等情况，制订具体的、操作性的工作细则，从而让各部门明确自己的指挥权限和工作任务，自觉服从总指挥部的领导、指挥和协调，而不是在现场随意指挥和越权指挥。另外，还要在运行机制中明确各类灾害救援的主体，赋予其一定的权力。在这方面，要注意各职能部门应急计划之间灾害等级的相互协调一致，而不是各自制订一套标准，互不兼容，难以实施一体化调度和指挥。
(四)建立健全各类法规，夯实灾害事故应急指挥法律基础。我国的灾害管理还缺乏完整的法律体系，缺乏统一的国家防灾减灾基本法保障。尽管我国出台了不少相关法律，如防震减灾法、防洪法、消防法、安全生产法、传染病防治法等，但都是单灾种防灾法，若从建立防灾减灾法律体系上看，即使所有部门单灾种防灾法全部完成，也不能替代国家防灾减灾基本法的作用。诸如美国、俄罗斯等一些西方国家已将综合减灾法作为第一层面的大法，它不仅仅规范社会各阶层的防灾行为，更从一定意义上明确了这些国家可能的灾害性质及频发状态，对唤醒公众十分有利。因此，要结合我国国情，出台一部《国家紧急状态法》，或者在宪法中明确写上公共突发事件监测和应急处置内容，制定紧急状态法和一系列主要公共突发事件监测和应急处置的法律法规、实施细则等。