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为此，评价中心建立了电子商务诚信纠纷处理机制，搭建起完善的电子商务诚信研究、评价、咨询、纠纷解决等的综合服务平台。通过发布电子商务诚信举报信箱，联合媒体对民众检举的电子商务诚信问题予以追踪处理;同时，评价中心开通投诉热线，在中心主页设立投诉频道，在证书上开通投诉渠道。中心及时将客户投诉信息汇总处理，以第三方形式调解各种交易纠纷。
同时，评价中心专家也会对投诉进行分析，区分投诉与恶意投诉、恶意诽谤，为真正诚信网商维护信誉与权益。如2006年11月，针对上海宝酷网即5173收到的大量投诉邮件，评价中心专业人员经过研究分析取证，揭发出假冒网站“59251”，双方协同打假，维护了5173的诚信与信誉。
通过消费者的投诉，评价中心在初期即认定了43个假冒网站，并予以发布，目前这些网站都已经确认关闭。中心会进一步与各方合作，对假冒网站的所有者进行调查和跟踪，尽最大能力保护消费者利益。
无投诉、无纠纷企业榜单
为了加强红蓝标识维护诚信的效果，鼓励消费者对不诚信商务行为的曝光，监督并加快企业对投诉的及时合理处理，评价中心相继设立了无投诉企业榜单和无纠纷企业榜单，以更加直观、高效、严格的方式来规范投诉处理。
无投诉企业榜单企业为5A+诚信企业。该企业必须为红蓝标企业;在2周内未收到任何投诉、或接受投诉即日起2周内成功受理并解决投诉的企业即可荣登无投诉企业榜单。榜单每2周重新排榜，因此，消费者可以时时动态的了解商家的诚信行为以及处理投诉的时效性和有效性。
无纠纷企业榜单即为5A诚信企业。该企业也必须为红蓝标企业;受理投诉过程中长期无法解决而产生纠纷，即行撤榜;2周内如果解决纠纷，或者递交第三方进行仲裁处理也视为纠纷解决，方可恢复无纠纷企业榜;榜单每2周重新排榜，以加强对企业的监督。
就此，评价中心的“电子商务诚信标识项目”、“我要投诉”以及“无投诉、无纠纷企业榜单项目”从网商的真实性与诚信度、个人隐私保护、电子商务交易行为、消费者与网商的投诉纠纷处理、投诉纠纷处理监督与惩罚等几个个方面，即售前调查、售后服务以及服务质量三个方面为消费者以及网商提供了全面的诚信保护，同时在双方形成了良性的诚信监督循环，并引导企业和民众对电子商务诚信的尊崇和相关行为规范的共识，从而营造和谐电子商务诚信的社会氛围，推动我国电子商务的健康发展。