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第五，受各种外界因素的干扰以及经办人个人素质的影响，政府采购监管部门在受理、处理供应商投诉案件过程中可能会出现一些不公正甚至是严重玩忽职守的行为。如果遇到这种情况，投诉供应商万万不可退缩，因为投诉人若采取息事宁人的态度反而会招致更为严重的侵害，而应据理力争，对不公正的处理决定依法申请行政复议和诉讼，具体地讲投诉人对同级财政部门作出的处理决定不服的，可以向同级人民政府、上一级财政部门申请行政复议，如有必要应直接提起行政诉讼。
二、代理机构要坚持规范操作，确保采购程序和采购结果的公平、公正，减少“源发性”投诉
一些代理机构认为采购活动中自己是“主角”，自然拥有最终发言权，大事小事，惟自己单位利益、个人利益是图，在政府采购活动中有法不依，造成投诉不断;还有些招标采购单位认为政府采购好，什么事都想通过政府采购来办，可就是不懂政府采购的程序和方法，在操作中时常不得“要领”，还常引发投诉;还有些招标代理机构服务意识淡薄，对供应商总是不冷不热，一副拒人千里的面孔，供应商很不“受用”，这也常招致投诉。
代理机构在政府采购的具体操作中要坚持以人为本，建立学习型采购队伍，充分调动员工的积极性和创造性，既要让经办人员放手地干好工作，也要实行严格的责任控制制度。因此，一方面要实行项目负责制或经理负责制，明确采购项目操作的负责人，该负责人或项目经理根据代理机构领导的授权依据采购法规全权负责采购事务，向代理机构领导报告工作;另一方面要对每个采购项目建立管理档案，实行最严格的责任追究制，对完不成或未能及时完成采购任务的及违规操作的采购项目，首先追究项目负责人的责任，在查清责任后，再追究所有相关责任人员的责任。代理机构还要定期对员工的业绩进行考核，绩效挂钩，奖优罚劣，真正体现“干好干坏就是不一样”。
代理机构不但要带头模范遵守回避制度，而且要完善内控制度并积极协助采购人做好回避工作，建立“代理机构工作人员主动回避制度”，主要内容可包括：规定项目负责人不得经办与自己有利害关系的供应商参加的采购活动、不得参加由本机构代理的采购项目的评标工作、不得为串通投标提供任何方便、发现问题及时报告、主动引咎辞职等。
代理机构应准确地“定好位”、“站好岗”，牢固确立在服务求生存、以服务促发展的指导思想，着力做好两个方面的服务，一要急采购人之所急，解采购人之所难，真正把采购人及其干部职工满意不满意、赞成不赞成作为衡量采购机构业绩的终级指标，内部要优化人员分工，定岗定位定责，设立服务投诉箱和热线电话，对一年度内有投诉的员工，取消其评优获先资格，一年度内若有三次投诉，则将其调离或解聘，彻底杜绝“门难进、脸难看、事难办”现象;二要在采购活动中始终恪守“公开、公平和公正”的原则，积极贯彻政府采购扶持中小企业发展、推动节能产品采购的政策措施，对待各类投资主体的供应商要一视同仁，不搞差别待遇，努力构建良性的政府采购市场秩序，毫不动摇地推进“阳光操作”。
对政府采购尤其是招标采购活动，代理机构在实施严密的内部监督的同时，须主动将整个招标采购过程置于外部监督之下。一方面要邀请对政府采购工作有着监督管理职能的财政、监察、审计机关参与全程现场监督，邀请检察机关进行现场检察，邀请司法机关进行现场公证，让监管部门了解、支持、促动代理机构规范运作;另一方面要采取随机办法在所有投标供应商中抽取1名以上奇数代表，全程监督评标过程。接受外部监督要形成一种制度，一种规范，成为代理机构的自觉行动。