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总体上说，我国企业的内部控制较为落后，与西方发达国家企业相比不仅体系不健全，“内部人控制”比较严重，更甚的还在内部控制基本观念上，认为内部控制只是一大堆制度，没有将内部控制当作企业运作要件的、相互间紧密联系的系统，没有将企业运营融入这个系统中。赶上先进水平还有很长一段路要走。在我国目前这种现状下，内审机构开展内部控制审计其必要性和重要性是无须讨论的，更进一步的我们还要将内部控制审计融入内部控制的建设中，把内部控制审计当作建设内部控制的重要手段，在重视检查督促其执行的同时，更重视如何改造完善内部控制。
综上论述，内部控制审计之于内部审计，具有和其他审计类型同等的地位;内部控制审计之于内部控制系统，是内部控制系统的自我完善机制，促使自身实现新陈代谢，是内部控制得以彻底执行的必不可少的机制，促使其功能得以实现。
三、内部控制审计的目标
(一)内部控制目标
为了论述内部控制审计的目标，本文先简要论述一下内部控制的目标。
在内部控制发展过程中，最早期的内部控制思想是以帐簿之间的核对、帐簿记录与财产实物的一致性及会计报表数据的可靠性为核心内容的，其控制目标可以概括为保证会计信息的准确、保护资产的完整。1949年美国注册会计师协会将提高经营效率、帮助推行企业管理政策两个目标增加进来，意味着人们已认识到内部控制应与企业营运相结合。1994年COSO委员会发布的《内部控制——整体框架》中将内部控制的目标确定为“合理保证运营目标的有效性和效率、财务报告的可靠性、遵守相关法律和规章”，将合理保证遵守法律规章作为内部控制的一个目标。
从以上简单回顾，我们可以看出保护资产的安全完整和保证会计信息真实完整是内部控制的基本目标，经过长期的发展这两个目标始终被人们认可。在认识到内部控制是一个系统且须与经营管理紧密结合之后，内部控制设置就必须充分考虑如何提高企业的经营效率，不仅不能因为设置控制而使原来简单的程序变得复杂，致使运营效率降低，而且必须要精心设计控制使业务处理更加高效，使控制信息的传达沟通更加快速便捷，因此提高经营效率应是内部控制的目标。同样，既然内部控制系统要与企业经营管理紧密结合，那么企业确定的经营目标的实现就必然要借助于内部控制，否则无法与经营管理结合，因此实现企业运营目标也应成为内部控制的目标。现代企业是处在具体的法律政策环境中的，必须要合法经营，而法律的遵守单单靠企业成员的守法自觉性是不行的，需要有特定的机制来加以制约，这种制约机制就属于内部控制;更重要的是国家针对企业制订了许多法规、政策来引导、约束或规范企业的行为，如产业政策、工商管理规章、税收法规、银行结算法规等等许多，这些需要企业去执行，企业为了不违反这些规章，就设置一些控制来约束自身的行为，这对于企业来说是十分重要的，因此促使企业遵守法律规章也是内部控制的目标。
2001年我国财政部发布《内部会计控制基本规范》(征求意见稿)对内部控制的目标作了具体规定，把内部控制目标确定为五个，其中大部分都是上述的观点，只有两个目标本文持反对意见。其一，“建立行之有效的风险控制系统，强化风险管理，确保单位各项业务活动健康运行”。为了强化风险管理而设置控制如果只考虑使业务活动健康运行，而不考虑精心设计控制使运行效率得以提高，就可能会产生因设置控制环节过多而降低运营效率的后果。其二，“确保国家有关法律法规和单位内部规章制度的贯彻执行”。本文基于这样一个见解来分析这个目标的适当与否：内部控制如果深究其构成可以分为内部控制预设体系(为方便起见和易于理解，本文中所述“内部控制”即与其等同)和内部控制预设体系的执行两部分，内部控制预设体系又可分为内部控制机制和内部控制制度。由此见解单位内部规章制度本身就是内部控制的一部分，概念上就矛盾。