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从上述内部控制目标可知，内部控制审计的第三层次目标是补充完善、再生内部控制和检查督促内部控制执行。补充完善内部控制是因为：其一，经济组织有些重要业务没有设置控制，处于控制系统之外，说明内部控制还不健全，需要补充设计有效的控制完善内部控制;其二，对某些业务设计的控制本身不能有效地控制该业务，即使是彻底执行也难以达到控制目标，这是控制设计有效性有问题，需要修改以完善内部控制。再生内部控制是因为：其一，原来设计的控制能有效达到控制目标，但随着内外部环境条件的变化，而使有效的控制变得无效，需要重新设计有效的控制;其二，随着内外部环境条件的变化，经济组织开始从事新的业务，由于新业务处在控制系统之外，使原来健全的内部控制变得不健全，需要设计新的有效控制加以控制。归纳起来，补充完善、再生内部控制都是因为内部控制设计的健全性和有效性可能有问题，需要通过审计来完善。检查督促内部控制执行是因为内部控制可能没有得到很好的执行，需要通过审计来了解和报告执行情况，督促执行。执行上可能存在问题，实际上也就是内部控制遵循上的问题，为统一起见，本文姑且称之为“遵循性”有问题。从上述可知，内部控制可能在健全性、有效性和遵循性上出现问题。因此，比照现代审计理论确定的内部控制评价程序审计对象，在我国目前企业内部控制的现状下，本文认为内部控制审计的本质对象是内部控制的健全性、有效性和遵循性。
综上所述，内部控制审计作为载体的审计对象是控制文件与控制信息资料，其审计对象的本质是内部控制的健全性、有效性和遵循性。