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上述内部控制目标只是作为控制系统的系统目标，其下还可以分成多个层次的管理层和作业层目标，这些目标都应服从系统目标。
综上本文认为内部控制目标为：1、保护资产的安全完整，2、保证会计资料的真实完整，3、提高运营效率，帮助实现运营目标，4、保证遵守国家法律规章。
(二)内部控制审计目标与内部控制目标
前已述及，内部控制审计实际是内部控制系统的一部分，是内部控制系统自身的功能，是实现自身新陈代谢、自我完善的机制，是内部控制执行环节的要件，促使其功能得以实现。从系统论的观点出发，整个系统有系统目标，内部单位有子目标，子目标应该该内单元的运行目标应与整个系统目标一致，否则系统不成为系统。因此从这角度看，内部控制审计目标与内部控制目标应是一致的，否则内部控制系统至少会运行不畅。从内部控制自我完善上看，内部控制审计通过仔细分析每类控制的环境和风险，评估某类控制的健全性、有效性，这个评估的过程中实际就是以内部控制目标来作为引导原则和衡量标准的，例如对现金控制的审计，必须将内部控制若干目标——保护资产的安全完整、保证会计资料的真实完整、保证遵守国家法律规章置于控制措施前，从目标的实现出发展开，就是引导原则，然后分析控制对实现目标的风险，即分析控制能否实现控制目标，就是衡量标准。从内部控制执行环节上看，更直接地表现出目标的一致性，因为内部控制如果未执行，其控制目标当然就无法实现，而内部控制审计部分工作就是为内部控制的执行服务的，它的功能就是为了实现内部控制目标，目标当然是一致的。
前面本文提出在我国目前的环境下，内部控制审计应纳入内部控制建设中。如果这个命题正确，那么在我国特殊环境下内部控制审计更应将内部控制目标当作自己的目标。在内部控制基础薄弱的环境里，重要的是内部控制的建设，而建设的过程应该是目标引导的过程，否则容易导致盲目建设。这种目标就内部控制目标，是综合考虑现实条件和先进思想的目标，围绕它制定控制能更简便直接，控制更有效。而内部控制审计作为建设内部控制的重要手段，就要用内部控制目标来引导审计，这样才能在更短的时间内建设起更为健全的内部控制。
综上论述，内部控制审计目标与内部控制目标是一致的。
(三)内部控制审计目标的层次性
内部控制审计的目标就是内部控制的目标，也就是内部控制系统的系统目标。但内部控制审计作为内部控制系统的一个单元，它也应该有服从于系统目标的子目标。内部控制审计子目标也就是它的第二层次目标，是更为具体的目标。鉴于目前我国企业内部控制普遍落后的现状，从上述内部控制审计应纳入内部控制建设的观点出发，以下这部份讨论以内部控制处于不完善状态为起点。为实现内部控制的目标，内部控制审计必须通过审计发现控制空白处、薄弱处，提出设计改进措施，——这是为了补充完善内部控制，这是我国目前要做的主要完善工作;另外还要监测内外部环境条件的变化，提出修改、设计新的内部控制以适应环境条件变化的意见，——这是实际是为了再生内部控制，这是完善的内部控制系统的自我维护、新陈代谢，这两方面都是为了内部控制的完善。同时，内部控制审计通过系统深入的检查内部控制执行情况，作出执行情况的评价，报告和发布执行检查信息，——为了检查内部控制执行情况;同时通过检查执行情况，发现执行不恰当的提出意见指出如何执行，发现怠于执行的督促执行，——这是为了督促内部控制执行，这两方面是为了内部控制的执行。