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同时，为保证国有资本投入的科学性，需要建立资本金支出管理咨议机构，该机构的主要职能是：对国有资本预算中补充资本金的支出提出总体意见;对向每个具体企业补充资本金的动议进行评估并提出咨询意见;对资本金支出效果进行评估。咨议机构的组成应有广泛代表性，可包括财政、发改委等政府机构以及专家学者等。首先，企业或国资委有关部门提出补充资本金的动议，详细说明需要补充资本金的数量、原因;其次，国资委进行初步审查，再提交有内外部专家组成的咨议机构进行评议;然后，咨议机构评议并提出意见;最后，由国资委根据咨议机构意见及相关信息，确定需要补充资本金的企业对象和投资数量，汇总后编入国有资本经营预算，经审定后执行。
(三)向社保基金转移的分配支出
在建立国有资本经营预算的同时，应研究建立相对独立的社保预算，同时在财政公共预算、国有资本经营预算、社保预算之间建立规范、责任清晰、受约束的资金通道，从而保证各方资金平衡。用国有资本预算补充社保基金涉及财政公共预算、社保预算、国有资本预算三者之间的统一平衡问题，补充额度须由国资委、社保基金会、财政部共同进行反复讨论和测算，再由国务院统一协调决定，最后由全国人大批准。
(四)向公共财政转移支出
由于国有企业改革和国有经济布局调整还未到位，国有资本经营预算收支便存在很大的不稳定性，保持年度平衡的难度较大，如当改革任务重或补充资本金量大时，预算总支出可能会超过预算总收入，预算则可能出现赤字。这就需要在国有资本预算盈余范围和弥补财政支出额度之间确定一个基本标准，在国有资本预算没有盈余或在规定的盈余范围内，不宜考虑向公共财政进行转移性支出;当超过规定的盈余范围时，可按一定比例向公共财政转移性支出，防止因过度向公共财政进行转移性支出导致国有资本预算出现严重赤字。
(五)国有资本经营预算分配的考核奖励支出
国有资本经营预算支出中应体现相应的奖励支出，纳入国有资本经营预算分配支出。奖励要落实到具体的企业和个人，并以企业经营者为主要对象。以国有资本经营预算收益为考核依据，对于实现预期经营目标的企业经营者要兑现预先设定的高薪和物质奖励;对于经营业绩突出、有重大贡献的企业经营者则另行给予其他形式的物质奖励;而对于那些没有实现国有资本经营预算指标的企业经营者，则采取降撤职、降低薪酬等惩罚措施。这种激励机制应当建立在科学、合理的考核标准和考核程序之上。