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一、现行部门预算改革暴露的问题和弊端
(一)对部门预算改革的重要性认识不足
在部门预算编制过程中，部分预算单位认为操作复杂，费用指标不多，比较麻烦;部门观念转变滞后，预算编制质量低。一些部门对预算管理改革的重要性认识不足，甚至把改革看成是财政揽权，工作中存在不理解、不配合、不负责等现象。预算编制不负责，随意性大，加之部门预算要求提前进行编制，收支计划和专项支出目标任务不具体，预计不准，导致预算执行中追加追减的现象频繁发生。还有的过于强调既得利益或收入、争多讲少，未能从观念上根本转变认识。部分财政干部认为，实行部门预算就是要满足单位需求，现实财源财力不允许，搞部门预算只是做做样子，走走形式。
(二)机构改革滞后对部门预算改革产生消极影响
我国现存的行政机构和事业单位设置或多或少地带有计划经济色彩，随着市场化改革不断深入，日益显出与市场经济不相适应。同时，目前行政机构与事业单位改革尚未全面完成，对部门预算改革带来严重的负面影响。由于机构改革滞后，没有从根本上解决预算内外“两张皮”问题。如何结合单位经费自给状况，实现预算内外资金的统筹使用，实行直接调控，尚需进一步探索。
(三)综合预算未能真正实现
编制部门预算以来，虽然预算内外资金的结合有了一定进步，但还不彻底。财政对预算内外资金的有机结合缺乏有效手段，管理相对粗放。“收支两条线”管理没有完全到位，流于形式。部分单位预算外资金仍有较大比例未进入专户，有的虽然进入专户管理，但留用比例过高。随收随支、以收定支问题普遍存在，未能真正实行“收支两条线”管理，尚未形成真正意义上的部门综合预算。
(四)科学的定额标准体系尚未建立
一些地方的预算安排方法至今采取的仍然是粗略估算、简单平均、硬性包干的方式，方法手段十分简单，虽然易于操作，但往往导致部门间苦乐不均的情况发生，合理性差。编制低标准或无标准，如业务招待类预算编制标准偏低，实际支出普遍存在超标准现象。目前，对此类费用主要是按单位单项核定，存在一定的随意性，且造成部门间差距较大及资金效益不高，同时，加大了资金控制与管理的难度。
(五)信息系统有待进一步完善
目前部门预算还是处在试点阶段，改革是渐进式的，编制软件根据各地实际而修改，预算编制的系统软件尚不成熟、不规范。如没有设立表内、表间逻辑关系，查询功能、审核功能、统计功能的操作性不强。由于有关系统及各系统内部软件互不衔接，数字化程度不够高，无法与国库集中支付软件、统发工资软件和非税收入管理等已使用软件衔接配套，不能达到数据共享，给现实财政管理工作带来很多困难。