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(六)预算管理行政化，考核改革绩效难
如预算资金中项目资金安排，没有经专家审定和招标投标，由行政领导首先直接拍板，有些专项资金安排凭领导爱好。还有的支出标准(定额)也没经可行性论证，行政行为色彩较浓。
目前，虽然对大型项目派遣了专管员，但也只是监管财务运行，由于缺乏专业技术，无法把财务运行与项目实施进行严密监管。对项目预算绩效监管基本上是个空白，导致部门争着上项目。多立项、多要钱、多挥霍的现象愈演愈烈。
(七)改革不协调、不配套
作为财政支出领域的三项改革，部门预算、政府采购和国库集中支付是互相依存、共同发展的。国库集中支付改革晚于部门预算改革，而起步较早的政府采购也存在诸多问题，改革没有到位。由于国库集中支付改革滞后，财政资金滞留在部门较多，造成财政资金使用效益低下、资金调度成本增加、监督弱化等。同时，银行体制改革后，仍有相当一部分国库资金通过商业银行进行划转，受利益驱动，各商业银行对不计息不收费的财政资金不同程度地存在截留和占压的情况，各预算单位根据资金性质的不同也在银行多头开户。
二、深化部门预算改革的建议和措施
(一)充分认识预算管理改革的重要意义
十七大报告强调，要完善公共财政体系，深化预算制度改革，强化预算管理。因此必须充分认识预算管理改革的重要意义。统一思想，转变观念，摆脱狭隘的部门利益，树立全局的观念，以科学发展观统领理财工作。树立财政效益观念，提高财政资金的效益。编制预算既要统筹顾及到各部门的主要职能、任务，又要通过准确合理的政府预算给予这些部门实现职能、完成任务的财力保障。
(二)深化行政事业单位机构改革
坚持用绩效预算来优化基本支出预算，减少财政供养对象。采取综合治理措施，控制行政人员和经费的膨胀，财政对各类行政单位行政经费总量限额、行政人员编制及人均行政支出综合定额提出控制指标，进行动态考核，辅之以一定的奖罚措施。同时清理和规范事业单位的财政经费供给范围。市场经济条件下，各事业单位并不都具有公共需要性质，财政不可能也不应该对其经费开支进行统包统揽，要将市场机制引入事业单位，重新明确和界定财政支出范围，加强政府的社会职能，扩大政府预算用于社会保障的支出。逐步规范事业单位的财政供给范围，减轻财政的经费供给压力。对事业单位进行归类梳理，按公益性、半公益性和经营性三种类型分别采取不同的财政政策。同时，制定科学的支出预算编制方法。加强支出的量化管理，建立一套与零基预算要求相适应的指标体系和支出评定机制。