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从“普惠制”迈向“特惠制”
两税合一面临的最大挑战是其是否会对我国吸引外商直接投资产生较大不利影响。但理论和实际调查显示，税收优惠并非吸引外资的首要因素。外资更看重中国潜在的巨大市场、稳定的政治环境、健全的法律制度、廉价的劳动力、资源禀赋和产业集聚度等;其次两税合并对外资的税收优惠并没有取消，相反对于符合国家产业政策要求的企业税收优惠力度会更大。此外调整后的优惠政策以“特惠制”取代“普惠制”，提高了税收优惠政策的规范性与透明度，对于企业来讲，避免了与行政部门对税收优惠政策理解产生的分歧，更有利于企业决策。
重建税收优惠新格局
两税合并后对税率的调整会大大降低内资企业的实际税负，更重要的是取消了外资企业的超国民待遇，为双方创造了公平的竞争环境。同时，将建立起以产业优惠为主、区域优惠为辅的税收优惠新格局，更有利于企业进一步调整优化产业结构，进行技术创新和升级。有关高新技术、环保等国家支持发展的产业会最大限度的继续享受国家的税收优惠。对于内资企业而言，就要进一步调整优化产业结构，大力发展高新技术及环保等有关产业，充分利用税收优惠政策。
其他税种改革
房地产税改：规范市场
目前房地产市场出现了局部地区过热的现象，其中投机性的需求是一重要原因。对此，从长期规范房地产市场来看，也可以采用税收的手段，提高房地产保有成本，改变过去只是在交易环节征收房地产税费,在保有环节征收比较少的现象。房地产税改革有利于解决目前房地产保有和交易中税赋复杂的情况,也可以打击房地产泡沫，抑制投机性的购房行为。
目前，对房地产税费的改革内容应包括：一是解决内外有别的问题;现行的房地产税对外和对内采取两套税制，不符合入世要求。二是对房地产保有环节开征统一的不动产税;尽快建立健全房产登记制度和房产评估制度，以房地产评估值作为课税依据。另外，由于土地出让金属于地租的性质，所以将来开征的不动产税不应包括土地出让金;三是扩大征收范围，将广大农村也纳入征税范围。
总之，此次改革就是要解决目前房地产税费制度中存在的税费种类繁多、税租费概念混淆不清;税制结构不合理，房地产保有环节税负畸轻而流转环节税负畸重等问题。这将有利于抑制高档房产供大于求的现象，普通老百姓却难以购买住宅的现象，促进房地产健康发展，比如富人买的房子多、面积大、质量好，就要多收税;如果是中低收入者，则要按照房地产税的起征点进行具体分析,在人均住宅面积多少平方米以下应该不收税。此外，房地产税开征还需要相应的配套措施,首先是要对房地产税的征税对象情况搞清楚，对房地产的拥有者、交易情况等有一个全面的记;,其次也要对房地产价值有一个评估,这需要有评估机构、专业人员、评估办法和评估程序，所以房地产税改的完善是一个长期的过程。