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政府越位，人为强化进入壁垒，忽视市场作用
市场经济的行业壁垒应该主要是依靠激烈竞争建立起来的，即市场力量调控进入门槛。在产业达到相当规模，自然壁垒就会使那些经济实力和技术水平达不到的企业不敢冒然进人，更难以生存。
从二十世纪八十年代的资质管理中重点培育“龙头”工程总承包公司(集团)到2007年新出台的施工特级资质标准，人为强化了市场进入壁垒，如新标准的目标是把目前260多个特级企业压缩为50个。我国资质管理的基本思路是扶植大企业使其更强、更大，如取得施工总承包序列中某一类别特级资质的企业，在核发本类别建筑业企业特级资质证书的同时，核发某一相应行业的工程设计甲级资质证书，从而为本类企业承担设计—施工总承包任务奠定了资质基础;同时，由于现行的一些资质标准过高，限制了中小企业的发展，造成了转包挂靠、弄虚作假屡禁不止。
显然，在我国现行建筑市场上，首先是政府超越市场选择企业，依靠行政指令在建筑市场供求双方之间寻求平衡是不符合市场经济运行规律。
管理权高度集中在政府部门，易造成权力寻租 项目管理者联盟，项目管理问题。
企业资质管理是对从事工程建设活动的企业进入市场的准入性审查，属于行政许可法的调整范围，是一种准入性的行政许可制度，属于政府管制行为。有关资质的申报、审批程序都是由政府部门或政府部门指定的机构负责，同时从资质申请的受理、审查、管理、市场违规行为的处理等整个管理环节，政府主管部门都发挥着主导作用，具有很大的权力。
资质管理权高度集中在政府部门手里，许多管理的内容和程序、权限划分等都是以部门规章、制度来规定，并由相关政府主管部门解释和实施，透明度不强，政府的自由裁量权大，造成一些暗箱操作的现象严重，甚至有些行政机关将资质审批作为权力“寻租”的一个手段。
对资质管理制度相关建议
建立社会化和市场化机制，提供能力担保
逐步建立由市场认定企业能力的机制。企业能力由市场第三方如工程担保、质量安全保险企业去认证，并通过权利义务的制衡来实现。发挥这一作用的第三方可以是工程担保公司或质量安全保险企业。这类企业为了追求自身利益最大化，风险最小化,他们在为建筑业企业提供担保、保险前,必定对企业进行全面审查,包括企业的信用等级、生产、管理能力等。这样,担保、保险这类市场主体在追求自身利益的同时实现了对建筑业企业能力的甄别。这种甄别不再是行政意义上的,而是市场主体对利益的追求使然。