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层次一：针对性管理由于采购代理机构的采构项目繁多，不同性质的业务，其管理方式和侧重点是有所区别的，用统一的要求来管理显然是不合理的，更是不科学的。要对项目进行良好的管理，首先要对其按业务性质来分类，一般可划分为常规采购项目、特殊采购项目。如对计算机、汽车、办公设备等经常性项目，应当侧重对产品价格、服务、品质的信息调研;而对一些诸如医疗设备等专业设备的采购，则应当侧重对供应商的各项资质、业绩及产品性能的审查核实。在管理过程中，应当严格地督促采购代理机构内部采购执业人员按照“公开、公平、公正”的原则，坚持规范的采购运作程序。对于常规性项目，采购一般会保持一定的稳定性，因此需对该类项目建立动态的数据库。数据库中应包括下列信息：项目供应商的经营规模、经营范围等，以了解各供应商在行业中的地位、行业风险及商业信用、服务质量;项目负责人和助理人员，以对机构内人员进行监督;采购期间，前后采购期间的对比，可为改进工作、提高效率提供依据等等。
层次二：重点管理在上述分类的基础上，还可按业务的规模进行细分，业务规模大的采购项目无疑是管理的重点。随着政府采购制度的不断深入发展，越来越多的采购项目进入到政府采购市场中来，尤其是一些大批量的货物采购、市政工程建设项目等，对整个采购代理机构的业务收入而言，关系重大。在这种情况下，有两方面必须考虑：一是由于这类业务收入在整个采购代理机构业务收入中占较大的比重，在采购代理机构的经济利益可能受到影响的情况下，是否能保持其公正性;二是由于这类项目业务一旦丧失，会使采购代理机构大受损失，因此必须与采购人建立良好的公共关系，最大程度地为采购人提供满意的服务。由此，对这类项目进行单独管理，针对每一项目的特定情况研究制定相适应的采购策略与办法，就显得尤为重要。
对业务规模小的项目也不能忽视，因其可能存在两种情况：一是由于采购代理机构在该方面的知识和经验不足，应对其质量是否达到有关规定或服务是否令采购人满意予以关注;二是该类采购项目市场尚待开拓。
层次三：进取性管理对项目可进一步细化，如按采购人行政层次可分为中央级、省级、地市级、区县级、乡镇级项目采购;按采购项目种类可分为货物类、服务类、工程类等。通过这种细分得到的统计数据，并结合政府公布的统计数据及其他资料，就可以大致推断出采购代理机构的市场份额，并对采购代理机构的发展前景作出判断，观察出新的市场机会。采购代理机构此时可以结合自己的人才优势，积极开拓新的政府采购市场。