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对于增发的国债，全部用于基础设施建设，资金主要投向以下几个方面：
农林水利建设。重点安排水利建设投资，加上1998年年初计划投入，全年水利建设投资达到358亿元。主要工程项目包括：大江大河防洪水利工程，重点是加快长江、黄河等七大江河的堤防加固和骨干枢纽工程建设;重点海堤加固工程;长江、黄河中上游水土保持工程;林业和生态项目，主要是国家重点生态环境项目建设，以及国有天然林保护工程和十大防护林体系建设。
交通通信建设。通过增加投入，加快铁路、公路、机场、航道的建设，进一步完善全国综合运输体系。
城市基础设施建设。主要支持城市供排水、供热和污水、垃圾处理，城市道路等方面的项目。
城乡电网改造。这是国家第一次大规模进行城乡电网的建设与改造。农村电网改造，将与农网管理体制的改革同步进行，最终做到同网同价，切实减轻农民负担。城市电网改造，主要是扩容。
国家直属储备粮库建设。新增国债投资，计划建成250亿公斤仓容的粮库。
(2)防范金融风险，充实国有独资银行资本。1999年上半年，国家财政向国有独资商业银行发行2700亿元特别国债(期限为30年)，充足银行资本金，从而使我国国有商业银行的资本充足率大为提高，达到“巴塞尔协议”和商业银行法规定的8%的要求，以防范金融风险。
(3)调整税收政策。通过调整税收政策，以支持出口、吸引外资以及减轻企业负担。
为支持外贸出口，分批提高了纺织原料及制品、纺织机械、煤炭、水泥、钢材、船舶和部分机电、轻工产品的出口退税率，加大了“免、抵、退”税收管理办法的执行力度，对一般贸易出口收汇实行贴息的办法，中央外贸发展基金有偿使用项目专项资金也已正式开始使用。
调整了进口设备税收政策，降低了关税税率，对国家鼓励发展的外商投资项目和国内投资项目，实行了在规定的范围内免征关税和进口环节增值税，以鼓励引进国外先进技术设备，扩大利用外资。
清理整顿收费，减轻企业社会负担。针对社会存在的一些乱收费现象，1998年财政部与有关部门一起，清理了涉及企业的政府性基金和收费，分三批取消了不合法、不合理的收费和基金727项，减轻企业和社会负担370多亿元。同时，对仍需保留的收费，也进一步加强了管理。
(4)增加社会保障、救灾和科教等的重点领域支出。