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(一)改进现行审计经费预算编报制度，审计经费单独列入国家预算
在立法型审计体制下，审计机关接受各级人民代表大会的委托，依法独立对政府进行财政监督，审计机关与财政部门是监督与被监督的关系，但目前我国审计机关的经费由同级财政部门审批，审计是监督部门，而经费来自于被监督部门，经费不独立、得不到保障，审计工作不可避免地受到影响和制约。
经国务院同意，2000年审计署及派出机构首先实行了审计经费全部由国家财政负担的办法，这对于维护审计机关的独立性，保障审计机关依法有效地履行审计监督职责，具有重要的现实意义。为了更好地保证审计机关依法独立履行审计监督职责，从体制上理顺审计机关与财政部门的关系，切实解决审计机关履行职责所必需的经费，应逐步改进现行审计经费预算编报制度。即参照国际上通行做法，先由审计机关根据职责、任务和计划及定员定额标准编制预算草案，无须政府审批，由财政部门在本级年度预算中单独列示，报经本级人大常委会批准后执行。
(二)调整中央审计机关与地方审计机关的关系，实行立法型审计体制下的省以下审计机关垂直领导体制
随着我国政治体制与经济体制改革的深入，中央政府与地方政府财权与事权划分的不断变化与明确。为适应新形势下对国家财政进行有效监督的需要，在立法型审计体制下，我们应实行省以下审计机关垂直领导体制，即省级以下审计机关实行垂直管理，市、县审计机关的人事、业务由省级审计机关统一管理，经费列入省级年度预算，系统管理、系统下按;省级审计机关接受审计署(即最高审计院)的业务领导。现实的情况是，在现行领导体制下，审计署下达的统一组织项目和其他需要地方审计机关完成的项目较多，地方审计机关自己安排的项目较少，而在分税制财政体制下，中央与地方划分财权，则在有限的审计资源下，地方审计机关对本级财政收支活动的监督力度不够。实行省以下的垂直领导体制，审计署与地方审计机关可以分别专门负责中央与地方的财政资金的监督，各司其职，强化监督力度，而同时省级审计机关又接受审计署的业务领导，这样，即有利于对中央、地方两级财政资金的监督，又有利于审计系统加强业务建设，在全国形成一个有机的整体。
(三)在立法型审计体制下，强化驻地方特派员办事处的职能 驻地方派出机构的设立，便于最高审计机关对中央财政、财务收支活动进行审计。为了加强对重点地区中央单位的审计监督，审计署在地方设立特派员办事处，代表审计署行使审计监督权，负责对派驻地区的审计监督工作。国外许多国家也都设立了驻地方审计机构。如美国审计总署人员众多，机构庞大，设有16个地区分部，并在国外设有3个国际分部，这一方面是美国的相关法规赋予了它众多职责，另一方面则充分体现了美国对国家审计的重视。
当前我国分税制体制的实行，以及审计署和地方审计机关职责的划分，都使审计署面临巨大的挑战，即相对于审计资源来说，面临数字庞大的被审计单位的挑战。面对如此众多的被审计单位，审计署机关审计人员相对较少，而且还担负着一定的专业管理的职责，就不可能开展大量的审计工作，而要更多地依靠驻地方特派员办事处的力量。这就要求我们在建立立法模式审计体制时，应强化驻地方特派员办事处的职能，一方面应增加驻地方特派员办事处的数量;另一方面，列入审计署审计管辖范围内的审计事项应当主要由驻地方特派员办事处审计，而审计院专业司将主要审计中央部委、重大投资项目和专‘项资金，以及统一组织有关行业审计和专项审计。