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首先，充分发挥国家金融审计监督、鉴证和评价职能，促进政府金融机构加强风险监督，保证国家金融安全。改变只重视审计监督单一职能，以查处违法违纪为主的做法，重视全面发挥审计监督、鉴证、评价三大职能作用的全方位监督，从宏观经济的整体态势，结合金融运行的特点，紧紧围绕“风险、管理和效益”，通过揭露金融系统存在的突出问题和风险，分析典型性、倾向性、普遍性问题产生的原因，揭示政策上、制度上、监管上存在的缺陷，促进金融体制改革，促进金融监管部门加强监管，促进金融机构加强内部管理，提高资产质量和效益，防范和化解金融风险。通过对重大问题的查处揭露、政策和监管情况的分析评价，必将会促进各金融监督机构充分有效履行职责，从而为开展金融监督绩效审计奠定良好的基础，从而为将来过渡到全面实施金融管理绩效审计作好准备。
其次，开拓创新、积极探索金融监管绩效审计。目前，有必要逐步开展对金融机构的效益进行深入评价和分析，即经营管理的绩效评价。同时，要把金融管理绩效审计与财政审计、经济责任审计紧密结合起来，对金融资产的效益、保值增值情况作出更全面的评价，从而促进财政监督有效履行自身职责，提高金融资产的运营质量和营运效率。另一方面，在试点阶段，可先选择具有规模较小、目标比较明确的审计项目，积极拓展金融审计领域，如同时开展对金融政策、监督部门的审计与金融企业的资产负债损益的审计，从政策、执行和监督三个环节动态分析、整体评价;在对金融企业真实性、合法性、效益性进行审查的基础上，着重从金融政策决策、政策执行和监督管理情况进行多环节、多领域的审计评价和分析，努力在绩效审计方式方法上有所创新、有所突破，从而为将来绩效审计作好充分的准备。
再有，加强合作，促进央行、财政及监督部门形成联合监督。国家金融审计与其他金融监督机构和组织加强合作，才能形成监督的合力，进而促进各职能部门守土有责。一方面，国家审计要切实履行经济高层次监督的职责，充当起组织协调的角色，国家审计要加强与银监、保监和证监以及财政的合作与交流，可在计划、执行和结果等方面进行全方位的信息交流和共享，形成联合监管，真正形成决策、执行和监督的全过程的监督;同时，建立高层定期会晤制度，就一些重大问题进行磋商，并建立信息交流和共享机制及完善的信息披露制度。从而避免出现监管“真空”和重复监管，以降低监管成本，提高监管效率。另一方面，国家审计通过与外部审计、内部审计和社会公众的合作，可加强对金融深层次的监督，从而为金融监督创造一个良好的外部环境。
另外，国家金融审计还要从整合金融监管各个层次作用出发，高度重视监管客体(金融机构)内控机制的健全和完善，加强对会计师事务所金融审计质量的检查以促进外部审计的发展，促进行业自律的壮大、充分发挥社会监督的力量。基于此，国家金融审计才有可能从繁重的事务性现场检查中解脱出来，集中资源关注金融风险和效益、实施监督绩效审计，进而才能有效地对金融政策合理性和监督效果性进行客观准确的评价。