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第一，海航在运营之初就进行了股份制改造，成为全国第一家股份制航空运输企业，初步建立了现代企业制度。
1995年引进了外资股，1997年B股上市，1999年A股上市，海航的现代企业制度不断完善。2000年成立海航集团公司，也是遵照股份制企业的规范性要求来运作的。随后进行一系列重组，都是先对被重组企业进行改制，即通过海航与其他股东共同发起，在被重组企业的基础上成立新的有限责任公司。海航集团及其各成员公司以其符合市场经济要求的现代企业制度，为他们的生产经营和资本经营提供了良好的组织保障。
第二，海航集团及下属各成员公司基于投资主体多元化的产权结构，形成了比较规范的法人治理结构。
公司法人治理结构是现代企业制度的核心。集团及下属各成员公司都依法设立了股东会、董事会、监事会和经理层，股东大会是公司的最高决策机构，董事会是股东大会的执行机构，监事会受股东之托行使对董事和高层管理人员的监督职能，经理层(执行总裁)根据公司章程和董事会的授权，对公司经营管理行使权力。各公司明确股东会、董事会、监事会和经理层的职责，形成各负其责、高效运转和有效制衡的关系。注重维护股东权利，严格依法召开股东大会，建立了完善的股东会议事规则。集团及各成员公司董事会和监事会成员按股权比例进行选派，代表投资者行使所有者权力。明确了董事会和监事会的具体职责，确保董事会忠实于股东和监事会对公司财务、董事和经理层的监督。海航股份公司作为上市公司，按有关要求还聘任了2名独立董事，其在公司重大经营决策中起到了积极作用。
第三，建立科学合理的内部机制。
企业内部机制是对员工激励与约束的制度安排，也是现代企业制度的重要方面。在人事制度方面，海航任免干部唯德才是举，不受资历约束，德才兼备者破格提拔，品德低下、能力平庸者下，做到了干部能上能下。海航将所有员工分为管理干部和普通员工两个系列(M序列和B序列)，M序列有从M1到M10十个级别，M10为最高级，各级管理人员逐级聘任，逐级有辞退及奖惩权，形成了任其职、负其责的“金字塔”用人结构。最能说明海航在用人问题上不拘一格选贤任能的也许就是在海航内部被称作的“刘嘉旭现象”。刘嘉旭本为律师，到海航工作后也只是一个法律事务室的普通工作人员，由于能力突出，业绩卓越，在短短的5年时间里被连续提拔5级，迅速成长为海航集团董事局董事兼海航集团首席执行官。在劳动用工制度方面，实行全员劳动合同制，各个单位和部门都根据业务性质、工作流程来设计岗位，明确每个岗位的责任、权力和利益，实行竞争上岗制度，并建立了末位淘汰机制，做到了人员能进能出。在分配制度方面，采取向生产一线、技术系统和经营部门人员倾斜的原则，按照考核业绩实行定岗定位的岗位绩效工资制(基本工资+岗位工资+绩效工资)，其中绩效工资的比重占到50%以上，绩效工资不仅与个人工作业绩挂钩，而且与公司效益直接挂钩，做到了工资能升能降。公司还设立了总裁基金，对业绩优异者给予重奖，几年来奖励了几百名有突出贡献的员工;同时对不称职者严格予以重罚。此外，为了更有效地激励员工，海航建立了一整套人性化的福利制度，福利项目包括内部职工优惠机票、生日祝贺、病伤探望、互助基金、关爱下一代奖励基金、子女入学、各种津贴和休假制度等等。简单地说，海航的内部管理机制就是打破铁饭碗，建立明确的岗位责任制，严格管理，严格考核，重奖重罚，奖赏分明，只不过和其他一些企业相比，海航把这些老生常谈真正落到了实处。