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会员注册在土地集体所有制改革的基础上，我国的村民自治制度必然会发生巨大而深刻的变化。我国的法律赋予了村民自治组织极大的集体财产的管理权力。说实话，在集体所有权属不清楚的情况下，这个掌握了我国涉及20亿亩耕地以及上百亿亩山林和水面的巨量集体资产的村民自治组织——村委会着实不能让政府放心。于是在集体所有制条件下，国家就不能不通过某种制度安排以图直接或间接地影响和监控着这些资产的管理。所以，赋予村民自治组织以行政权力并要求其必须协助政府工作的职能也就是必然的选择了。
但是，这种土地集体所有制下的村民自治制度也是一柄双刃剑。它既能够方便政府对土地进行监管以及征用集体土地，也给村民自治组织领导人的权力寻租和自治权力的异化从负面提供了相当程度的制度保障。而土地的真正主人——农民却是这种制度安排的唯一利益受损者。不仅如此，这种要求村民自治组织承担起行政职能的制度安排还从根本上混淆了政府与村民自治组织各自应该担负起来的管理职能，虚置和干扰了村民参与农村社区管理的民主权利。
因此，如果改革或废止现有的土地集体所有制，农民而不再是村民委员会将成为自治区域内农用土地的所有权人，我国的村民自治制度必将会发生根本性的变化。在土地资产归属其真正主人——农民而不再是所谓集体的条件下，我国的基层政府与农村自治社区必将各司其职，。前者的办理公共事务和提供公共服务的职能将大为增强，而后者则将其主要的自治职能放到解决自治区域内各项公益事业的规划与发展上。这样，长期以来困扰我们的政-村矛盾关系以及自治组织“二政府”的现状将从制度上得到根本性解决。我们也将在第一产业——农业上像工商业领域普遍实行的“政企分开”一样真正实现新的“政社分开”(政府与农村自治社区)。毫无疑问，这是一个令人期待的改革方向。
那么，在所谓“政社分开”后，政府与村民自治组织各自的管理职能将会发生那些变化呢?
我认为，在改革现有村民自治制度、将办理农村公共事务的权力重新划归政府并让政府承担起向广大农村提供公共服务的职责以后，我国的政府对乡村自治区域的管理将主要有以下四种职能方式：
1， 政府通过制定各种法律法规来协调村民自治区域内各个权益主体之间关系，并为自治组织内的所有权益主体以及社会上其它各类社会和经济组织参与村庄的公益事业和市场经济的发展提供制度保障。
这一项政府职能是非常重要的。根据以上论述，在政府公权力收缩后农村地区将会在村民自治组织的有效管理下涌现众多的各种非政府民间的经济和社会组织。这些组织与自治组织以及这些组织之间是不同的法律主体之间的关系，它们之间的交往也必然会牵涉到众多的法律关系问题。因此，拟订和颁行各种规范这些组织法律关系的法律法规就显得十分重要了。政府出面组织起草和发布这些法律法规责无旁贷。
2， 政府应该根据自己承担起来的那些办理农村公共事务的行政职责，制定自己管辖区域内的各种区域性农村发展规划和计划，并按照这些规划和计划指导和审查各村民自治组织制订和上报的自治区域发展规划和项目计划。