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目前医疗系统的组织结构始于二战时期，当时，每所医疗机构都是独自提供医疗服务。在这60年间，由于行政部门、国会以及机构本身在不同时期对经费控制的压力，各个医疗机构在行使平时的福利待遇任务中已经大大加强了合作。在此期间，有不下15个联邦赞助的研究报告和无数的学术报告，审查了军事医疗系统的组织，并以绝对多的优势呼吁建立一个统一的医疗指挥系统，其中只有三家更倾向于目前的结构。
作为回应，美国国防部已经采取了一些变化，但仍保留了基本结构。其中变化包括：设立了一个中央办事处来监督医疗保健部门的运营，实行统一的三军服务管理式医疗保健计划，加强国防健康计划下的资源预算，建立三军医疗照护管理活动来规范军事卫生系统的业务。虽然这些改革措施加强了医疗部门之间的合作，但各医疗部门并没有联合起来。关于医疗福利部门的这种“合作而不联合”在那些有着两家或多家医疗机构的地区可以得到很好地诠释，比如在华盛顿特区或的德克萨斯州的圣安东尼奥。
军事医疗系统在华盛顿特区管理着三家医疗中心：沃尔特里德陆军医疗中心，空军的马尔科姆格罗威医学中心，和国家海军医疗中心。直到最近，这三家医疗机构还有足够的资源来自主运作这些中心，不过造成了能力的重叠和产能的过剩。为了回应近几年的预算拮据以及在三军医疗照护下的区域合作协议，三家医学中心已签署了众多的协议，在人员，空间，设备方面达到共享，并已合并了几个研究生医学教育项目。他们还建立了专科诊所的临床医疗机构，如对住院产妇的护理和儿童及青少年的心理健康的保健。然而，正如政府问责办公室在1999年关于国防部需求(国防部要求建立一个三军服务体系以便于在各医疗部门决定和分配医疗资源)的报告中指出那样：
尽管协议似乎是有益的，但它们大多是专案并且结果也是无案可稽……最近美国国防部进一步巩固医疗中心的举措遭到的重大分歧，对各个机构提供什么样的护理提出了异议。 因此，举措被搁置，各个医疗中心继续独立运作。
类似的合作协议还有圣安东尼奥的空军维尔夫德豪尔医学中心和在另一个特区的布鲁克陆军医疗中心之间的协议，美国国防部指示其在1995年合并了产科-妇科和儿科部门。这两个中心随后签订意向书，协议合并研究生医学教育项目，形成一个有共同的学术领导的圣安东尼奥医学教育集团。尽管在那些地域上比较接近的两个或多个医疗部门签署了双边或多边交流协定，但各个机构还是独立的运作，多数情况下一个机构的所获得的成果会被其它机构看成是自己的损失。
为部署部队提供紧急综合服务
军事医疗系统除了它的国际网络医疗机构(相当于民用医院和诊所，包括由医学认证机构联合委员会的质量认证的维护)外，还包括医疗业务小组，负责为部署的部队提供综合服务。这些小组在复杂性和能力方面范围很广，跨度很大，它可以是在战地的一个简单的救护站或者是一个船上的医务室负责急救和初步稳定伤员;也可以是一个部署500张病床的舰队/野战医院，或1000张病床的医院船舶，配有先进的功能比如紧急/特护病房以及神经外科手术室等等。综合业务的资源几乎完全是由各个医疗机构自己提供，通过行政管理由各医疗机构的领导提供人力和财力。