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下一个方案，联合指挥与战时准备部门以及三军医疗照护部门结合，与现行军事医疗体系的组织结构大相径庭。根据这个模型，医疗运作机构通过一个联合战时筹备指挥部向美国医务司令部汇报情况，而负责发放医疗福利的部门则通过三军医疗照护部门向上级汇报情况。这个结构可以加强医学部的业务和理论联合。因为福利和筹备部门要共享医务人员，所以可能会加剧两个部门对于资源的竞争。正如前面讨论过的那样，海陆空三军的卫生署长都一再声称这两个使命的联合和互助至关重要。这种组织上的分离，可能会破坏技术和智力联合。
现行的军事医疗系统要改组成为一个预期的综合的团队，最有希望的美国医务司令部的组织结构就是一个统一的指挥中心和各医疗机构及三军医疗照护机构相结合。这个架构在运作和策略上将保持传统的医疗关系的路线，每个医疗机构由一个医疗旗舰或将官负责管理。
拟议的组织结构通过在美国医务司令部和各医疗机构之间建立一个较为简洁的集中指挥和控制的关系加强了各部门在业务和理论方面的联合。同时，正如以前卫生署长所说的，通过福利和筹备两个部门的临床协作，医务司令部加强了双方在技术和智力方面的联合。 这种结构对于一个负责福利和筹备部门的指挥官来说无疑将巩固了其问责和权威性。
该模式在具体战略和运作方面可能对现状会有所改善，包括克服先前提到的在实施平时的福利任务时的“各机构相互独立”的问题，以及在紧急综合救助运作中的“隔离但平等”的原则问题。
这些关于国防部战略规划文件的巅峰之作—-2004美国国家军事战略、2001四年防务审查报告以及2020联合构想—都强调，联合作战将成为未来所有的军事活动的标志。参谋长联席会议主席写道：
各个医疗机构所提供的核心竞争力的一体化对于联合小组是必不可少的，综合运用全军的力量(现役军人，储备人员，武警人员，平民百姓)为指挥官提供了更多的选择，也使我们对手的选择更具复杂性。为了建立2020年最有效的军事力量，我们必须在智力、运作、组织、理念以及技术上做到充分的联合。美国国防部必须努力转型，建立一个统一的医疗指挥中心—-美国医务司令部—-整合军事卫生医疗系统的文化，建立一个预期的联合医疗团队。